本刊创刊于1981年。1994年以前主要刊登国家级武夷山自然保护区综合科学考察成果论文。1994年以后，随着保护区大规模科学考察任务基本结束，《武夷科学》对办刊方针进行修定，面向全国开放，扩大征稿范围，不再局限刊登福建生物资源论文，开始刊登省内外综合性自然科学基础理论研究和实用技术研究成果论文。