本刊经国家科技部、新闻出版署批准，《果树科学》从2001年起更名为《果树学报》。有季刊改季双月刊，由16开本改为大16开本，封面、内文均用优质铜版纸印刷。《果树学报》着重选取密切结合我国果树（包括西瓜、甜瓜）科研、教学、生产实际，反映学科学术水平和发展动向的优秀稿件，及时报道重大科研成果、阶段性成果和科研进展情况。栏目设置有专家论坛、研究报告、专论与综述、研究简报及科技简讯；内容包括生物技术、品种与种质资源、生理与栽培、土壤与肥料、植物保护、贮藏加工等；读者对象为本学科的科研人员、大专院校师生、各级管理干部及具有一定文化程度的果树（西甜瓜）栽培者。