预测蛋白质功能的方法和系统
本发明涉及预测蛋白质生物功能的方法和系统。本发明基于对各种不同蛋白质的生物功能开发功能性位点的描述符。功能性位点描述符是蛋白质的功能性位点在三维空间中的几何条件表示，并且还可包括其它参数，如构象信息。在建立描述符后，用一个或多个功能位点描述符(对于一种或多种不同的生物功能)来探测蛋白质结构，以确定是否这些结构含有对应的功能性位点描述符所描述的功能性位点。在优选例中，用功能性位点描述符文库探测用计算机方法根据氨基酸信息得出的不确切的蛋白质结构，以预测这些序列及其编码的基因的生物功能。
发明专利
CN99812531.8
1999-05-27
CN1328601
2001-12-26
C12Q1/00
斯克利普斯研究院
J·斯科尔尼克;J·S·费特罗
美国加利福尼亚州
上海专利商标事务所
徐迅
美国;US
权利要求书1.一种功能性位点描述符，它用于蛋白质的不确切三维结构模型，以确定是否蛋白拥有对应功能性位点描述符限定的功能性位点的生物功能，其特征在于，该功能性位点描述符限定一种蛋白质功能性位点的空间构象，所述功能性位点对应除了二价金属离子结合位点之外的生物功能，该功能性位点描述符含有一组构成蛋白质除了二价金属离子结合位点之外的功能性位点的在两个或多个氨基酸残基的每一个中一个或多个原子的几何约束，其中所述两个或多个氨基酸残基中的至少一个被鉴定成特定氨基酸残基或氨基酸残基组，其中所述一个或多个原子选自多肽骨架中的酰胺氮、α-碳、羰基碳和羰基氧，氨基酸残基的β-碳和假原子，其中所述一个或多个原子中至少一个是多肽骨架中的酰胺氮、α-碳、β-碳或羰基氧。