141个用于大黄鱼亲子鉴定分析的特定SNP位点
141个用于大黄鱼亲子鉴定分析的特定SNP位点，属于分子辅助选择育种领域。提供一组可应用与大黄鱼亲子鉴定分析的SNP分子标记，共包含141个SNP分子标记，这些SNP位点的核苷酸序列为SEQ ID No:1至SEQ ID No:141所示。此SNP检测系统的累积非父排除概率(CPE)为0.999999989，符合亲子鉴定行业标准，该技术可应用于大黄鱼系谱纠错、亲子鉴定等遗传育种应用，为更快更好推进基因组选择技术在大黄鱼产业应用提供技术支撑。
发明专利
CN202311536969.6
2023-11-17
CN117646073A
2024-03-05
C12Q1/6888(2018.01)
厦门大学
徐鹏;仝百川;王家迎;濮菲
361005 福建省厦门市思明区思明南路422号
厦门南强之路专利事务所(普通合伙)
马应森
福建;35
1.141个用于大黄鱼亲子鉴定分析的特定SNP位点，其特征在于其位点信息具体如下： 2.如权利要求1所述141个用于大黄鱼亲子鉴定分析的特定SNP位点作为SNP分子标记组合在大黄鱼亲子鉴定分析中的应用。 3.如权利要求2所述应用，其特征在于根据141个用于大黄鱼亲子鉴定分析的特定SNP位点信息，计算检测亲本和检测子代之间的累积亲权指数CPI和亲权概率POP，并依此判断是否支持检测亲本为子代生物学父亲或母亲的假设。 4.如权利要求2所述应用，其特征在于所述应用的方法，包括以下步骤： 1)待检测亲本和子代基因组DNA提取，使用琼脂糖凝胶电泳检测提取DNA的质量； 2)对141个SNP分子标记进行基因分型，分型方式包括但不限于多重PCR、基因芯片、全基因组测序； 3)根据步骤2)得到的SNP分型结果，使用R语言程序包PaternityT计算所有检测亲本和子代之间141个SNP位点上的亲权指数PI、累积亲权指数CPI和亲权概率POP，得到检测亲本和子代之间的CPI矩阵和POP矩阵； 4)设置一定的亲权概率阈值，作为判定检测亲本为检测子代生物学亲本的依据，得到亲子鉴定分析结果。 5.如权利要求4所述方法，其特征在于在步骤3)中，所述得到检测亲本和子代之间的CPI矩阵和POP矩阵的具体方法为： 使用PaternityT亲子鉴定软件的CPI_calculator函数基于似然法计算子代个体(n＝635)和候选亲代个体(n＝381)之间的累积亲权指数和亲权概率，用于对个体间的亲缘关系进行判断。 6.如权利要求4所述方法，其特征在于在步骤4)中，所述设置一定的亲权概率阈值，作为判定检测亲本为检测子代生物学亲本的依据，将判定为亲子关系的POP指数阈值设置为99.99％，即只有当CPI指数大于10000，或POP指数大于99.99％时，才支持被检测亲代个体是子代个体生物学亲本的假设。