CASZ组合物和使用方法
提供包括以下一项或多项的组合物和方法：(1)“CasZ”蛋白(也称为CasZ多肽)、编码所述CasZ蛋白的核酸和/或包含所述CasZ蛋白(和/或编码所述CasZ蛋白的核酸)的修饰的宿主细胞；(2)与所述CasZ蛋白结合并提供针对所述CasZ蛋白的序列特异性的CasZ指导RNA、编码所述CasZ指导RNA的核酸和/或包含所述CasZ指导RNA(和/或编码所述CasZ指导RNA的核酸)的修饰的宿主细胞；以及(3)CasZ反式激活非编码RNA(trancRNA)(在本文中称为“CasZ trancRNA”)、编码所述CasZ trancRNA的核酸和/或包含所述CasZ trancRNA(和/或编码所述CasZ trancRNA的核酸)的修饰的宿主细胞。
发明专利
CN202310721532.3
2018-10-31
CN117487776A
2024-02-02
C12N9/22(2006.01)
加利福尼亚大学董事会
J·A·都纳;D·博尔斯泰因;J·S·陈;L·B·哈灵顿;D·帕埃斯-艾斯皮诺;J·F·班菲尔德
美国加利福尼亚
中国贸促会专利商标事务所有限公司
刘晓东
美国;US
1.一种将CasZ多肽导向至靶核酸的靶序列的方法， 所述方法包括使所述靶核酸与工程化的和/或非天然存在的复合物接触，所述复合物包含： (a)CasZ多肽； (b)CasZ指导RNA，所述CasZ指导RNA包含与所述靶核酸的靶序列杂交的指导序列，并且包含与所述CasZ多肽结合的区域。 2.如权利要求1所述的方法，其中所述接触在靶细胞内部发生。 3.如权利要求2所述的方法，其中所述接触包括：将以下至少一项引入所述靶细胞中： (a)所述CasZ多肽或编码所述CasZ多肽的核酸；和 (b)所述CasZ指导RNA或编码所述CasZ指导RNA的核酸。 4.如权利要求3所述的方法，其中编码所述CasZ多肽的所述核酸是经密码子优化以在所述靶细胞中表达的非天然序列。 5.如权利要求2-4中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是真核细胞。 6.如权利要求2-5中任一项所述的方法，其中所述靶细胞在体外培养物中。 7.如权利要求2-5中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是体内的。 8.如权利要求2-5中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是离体的。 9.如权利要求5所述的方法，其中所述真核细胞选自由以下组成的组：植物细胞、真菌细胞、单细胞真核生物体、哺乳动物细胞、爬行动物细胞、昆虫细胞、禽细胞、鱼细胞、寄生虫细胞、节肢动物细胞、无脊椎动物细胞、脊椎动物细胞、啮齿动物细胞、小鼠细胞、大鼠细胞、灵长类动物细胞、非人灵长类动物细胞和人细胞。 10.如权利要求2-9中任一项所述的方法，其中所述接触还包括：将DNA供体模板引入所述靶细胞中。 11.如权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述方法包括使所述靶核酸与CasZ反式激活非编码RNA(trancRNA)接触。 12.如权利要求2-10中任一项所述的方法，其中所述接触包括：将CasZ反式激活非编码RNA(trancRNA)和/或编码所述CasZ trancRNA的核酸引入所述靶细胞中。 13.如权利要求11或权利要求12所述的方法，其中所述trancRNA包含与表2的trancRNA序列具有70％或更高的同一性的核苷酸序列。 14.一种包含工程化的和/或非天然存在的复合物的组合物，所述复合物包含： (a)CasZ多肽或编码所述CasZ多肽的核酸；和 (b)CasZ指导RNA或编码所述CasZ指导RNA的核酸，其中所述CasZ指导RNA包含与靶核酸的靶序列互补的指导序列，并且包含与所述CasZ多肽结合的区域。 15.如权利要求14所述的组合物，其还包含CasZ反式激活非编码RNA(trancRNA)或编码所述CasZ trancRNA的核酸。 16.一种包含工程化的和/或非天然存在的复合物的试剂盒，所述复合物包含： (a)CasZ多肽或编码所述CasZ多肽的核酸； (b)CasZ指导RNA或编码所述CasZ指导RNA的核酸，其中所述CasZ指导RNA包含与靶核酸的靶序列互补的指导序列，并且包含与所述CasZ多肽结合的区域。 17.如权利要求16所述的试剂盒，其还包含CasZ反式激活非编码RNA(trancRNA)或编码所述CasZ trancRNA的核酸。 18.一种遗传修饰的真核细胞，其包含以下至少一项： (a)CasZ多肽或编码所述CasZ多肽的核酸； (b)CasZ指导RNA或编码所述CasZ指导RNA的核酸，其中所述CasZ指导RNA包含与靶核酸的靶序列互补的指导序列，并且包含与所述CasZ多肽结合的区域；和 (c)CasZ反式激活非编码RNA(trancRNA)或编码所述CasZ trancRNA的核酸。 19.如前述权利要求中任一项所述的组合物、试剂盒或真核细胞，其特征在于以下至少一项： (a)编码所述CasZ多肽的所述核酸包含如下核苷酸序列，所述核苷酸序列：(i)编码所述CasZ多肽，并且(ii)与异源启动子可操作地连接； (b)编码所述CasZ指导RNA的所述核酸包含如下核苷酸序列，所述核苷酸序列：(i)编码所述CasZ指导RNA，并且(ii)与异源启动子可操作地连接；和 (c)编码所述CasZ trancRNA的所述核酸包含如下核苷酸序列，所述核苷酸序列：(i)编码所述CasZ trancRNA，并且(ii)与异源启动子可操作地连接。 20.一种检测样品中的靶DNA的方法，所述方法包括： (a)使所述样品与以下物质接触： (i)CasZ多肽； (ii)指导RNA，所述指导RNA包含：与所述CasZ多肽结合的区域和与所述靶DNA杂交的指导序列；和 (iii)为单链的且不与所述指导RNA的所述指导序列杂交的检测剂DNA；以及 (b)测量由所述CasZ切割所述单链检测剂DNA而产生的可检测信号，从而检测所述靶DNA。 21.一种用于检测样品中的靶DNA的试剂盒，所述试剂盒包含： (a)指导RNA或编码所述指导RNA的核酸；其中所述指导RNA包含：与CasZ多肽结合的区域和与靶DNA互补的指导序列；和 (b)为单链的且不与所述指导RNA的所述指导序列杂交的经标记的检测剂DNA。 22.一种切割单链DNA(ssDNA)的方法，所述方法包括： 使核酸群体与以下物质接触，其中所述群体包含靶DNA和多个非靶ssDNA： (i)CasZ多肽；和 (ii)指导RNA，所述指导RNA包含：与所述CasZ多肽结合的区域和与所述靶DNA杂交的指导序列， 其中所述CasZ多肽切割所述多个非靶ssDNA。