RNA编辑组合物和使用方法
本文提供了工程化向导，其被构造用于在与靶RNA分子杂交时形成双链RNA底物，所述双链RNA底物包含(i)包含至少一个结构特征的区域；和(ii)第一内环和第二内环，其中双链RNA底物募集RNA编辑实体并促进靶RNA分子中的碱基核苷酸的化学修饰。本文还提供了包含本文公开的工程化向导的组合物、载体和细胞。本文还提供了将本文所述的工程化向导引入细胞中的方法和治疗有需要的受试者的疾病或病状的方法，所述方法包括向受试者施用工程化向导、编码工程化向导的多核苷酸、包含此类工程化向导或此类多核苷酸的递送媒介物，或包含如本文所述的这些中的任一种的药物组合物。
发明专利
CN202280085795.3
2022-10-25
CN118434862A
2024-08-01
C12N15/113(2006.01)
塑造治疗公司
扬尼斯·萨瓦;杰森·撒迪厄斯·迪恩;布赖恩·约翰·布斯;理查德·托马斯·沙利文;阿德里安·阮格汉姆·布里格斯;莉娜·拉吉里·巴盖帕尔利;亚兹明·伊内斯·罗维拉冈萨雷斯;郭岚
美国华盛顿州
北京安信方达知识产权代理有限公司
王玮玮%郑霞
美国;US
1.一种工程化向导RNA或编码所述工程化向导RNA的多核苷酸序列，其中在所述工程化向导RNA与靶RNA的序列杂交时，所述工程化向导RNA和所述靶RNA的序列形成向导-靶RNA支架，其中所述向导-靶RNA支架包含： a.包含至少一个选自由以下组成的组的结构特征的区域：凸起、摆动碱基对、内环、错配、发夹以及它们的任何组合，其中，在所述向导-靶RNA支架与RNA编辑实体接触时，所述RNA编辑实体编辑所述向导-靶RNA支架内的所述靶RNA中的在靶腺苷；以及 b.第一内环和第二内环，其侧接于(i)的所述向导-靶RNA支架的所述区域的相对末端，其中所述第一内环在包含所述至少一个结构特征的所述区域的5’并且所述第二内环在包含所述至少一个结构特征的所述区域的3’，并且其中相对于缺乏所述第一内环和所述第二内环的其他方面可比的工程化向导RNA，所述第一内环和所述第二内环促进所述靶RNA中的所述在靶腺苷的编辑量的增加。 2.一种工程化向导RNA或编码所述工程化向导RNA的多核苷酸序列，其中在杂交时，所述工程化向导RNA和靶RNA的序列形成向导-靶RNA支架，其中所述向导-靶RNA支架包含： a.微足迹，其包含至少一个选自由以下组成的组的结构特征：凸起、内环、错配、摆动碱基对、发夹以及它们的任何组合，其中，在所述向导-靶RNA支架与RNA编辑实体接触时，所述RNA编辑实体编辑所述向导-靶RNA支架内的所述靶RNA中的在靶腺苷；以及 b.杠铃宏足迹，其包含位于所述微足迹5′的第一内环和位于所述微足迹3′的第二内环，其中相对于缺乏所述杠铃宏足迹的其他方面可比的工程化向导RNA，所述杠铃宏足迹促进所述靶RNA中的所述在靶腺苷的编辑量的增加。 3.如权利要求1或2所述的工程化向导RNA，其中相对于缺乏所述第一内环和所述第二内环的其他方面可比的工程化向导RNA，所述第一内环和所述第二内环促进所述靶RNA中的脱靶腺苷编辑量的减少。 4.如权利要求1-3中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环是对称内环并且所述第二内环是对称内环。 5.如权利要求4所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环和所述第二内环是对称内环，其独立地为5/5、6/6、7/7、8/8、9/9、10/10、11/11、12/12、13/13、14/14、15/15、16/16、17/17、18/18、19/19或20/20对称内环，其中第一个数字是从所述向导-靶RNA支架的工程化向导RNA侧贡献给所述对称内环的核苷酸的数量，并且第二个数字是从所述向导-靶RNA支架的靶RNA侧贡献给所述对称内环的核苷酸的数量。 6.如权利要求1-3中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环是不对称内环并且所述第二内环是不对称内环。 7.如权利要求6所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环和所述第二内环是不对称内环，其独立地为5/6、5/7、5/8、5/9、5/10、5/11、5/12、5/13、5/14、5/15、5/16、5/17、5/18、5/19、5/20、6/5、6/7、6/8、6/9、6/10、6/11、6/12、6/13、6/14、6/15、6/16、6/17、6/18、6/19、6/20、7/5、7/6、7/8、7/9、7/10、7/11、7/12、7/13、7/14、7/15、7/16、7/17、7/18、7/19、7/20、8/5、8/6、8/7、8/9、8/10、8/11、8/12、8/13、8/14、8/15、8/16、8/17、8/18、8/19、8/20、9/5、9/6、9/7、9/8、9/10、9/11、9/12、9/13、9/14、9/15、9/16、9/17、9/18、9/19、9/20、10/5、10/6、10/7、10/8、10/9、10/11、10/12、10/13、10/14、10/15、10/16、10/17、10/18、10/19、10/20、11/5、11/6、11/7、11/8、11/9、11/10、11/12、11/13、11/14、11/15、11/16、11/17、11/18、11/19、11/20、12/5、12/6、12/7、12/8、12/9、12/10、12/11、12/13、12/14、12/15、12/16、12/17、12/18、12/19、12/20、13/5、13/6、13/7、13/8、13/9、13/10、13/11、13/12、13/14、13/15、13/16、13/17、13/18、13/19、13/20、14/5、14/6、14/7、14/8、14/9、14/10、14/11、14/12、14/13、14/15、14/16、14/17、14/18、14/19、14/20、15/5、15/6、15/7、15/8、15/9、15/10、15/11、15/12、15/13、15/14、15/16、15/17、15/18、15/19、15/20、16/5、16/6、16/7、16/8、16/9、16/10、16/11、16/12、16/13、16/14、16/15、16/17、16/18、16/19、16/20、17/5、17/6、17/7、17/8、17/9、17/10、17/11、17/12、17/13、17/14、17/15、17/16、17/18、17/19、17/20、18/5、18/6、18/7、18/8、18/9、18/10、18/11、18/12、18/13、18/14、18/15、18/16、18/17、18/19、18/20、19/5、19/6、19/7、19/8、19/9、19/10、19/11、19/12、19/13、19/14、19/15、19/16、19/17、19/18、19/20、20/5、20/6、20/7、20/8、20/9、20/10、20/11、20/12、20/13、20/14、20/15、20/16、20/17、20/18或20/19不对称内环，其中第一个数字是从所述向导-靶RNA支架的工程化向导RNA侧贡献给所述不对称内环的核苷酸的数量，并且第二个数字是从所述向导-靶RNA支架的靶RNA侧贡献给所述不对称内环的核苷酸的数量。 8.如权利要求1-3中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环是对称内环并且所述第二内环是不对称内环。 9.如权利要求8所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环是对称内环，其为5/5、6/6、7/7、8/8、9/9、10/10、11/11、12/12、13/13、14/14、15/15、16/16、17/17、18/18、19/19或20/20对称内环；并且其中所述第二内环是不对称内环，其为5/6、5/7、5/8、5/9、5/10、5/11、5/12、5/13、5/14、5/15、5/16、5/17、5/18、5/19、5/20、6/5、6/7、6/8、6/9、6/10、6/11、6/12、6/13、6/14、6/15、6/16、6/17、6/18、6/19、6/20、7/5、7/6、7/8、7/9、7/10、7/11、7/12、7/13、7/14、7/15、7/16、7/17、7/18、7/19、7/20、8/5、8/6、8/7、8/9、8/10、8/11、8/12、8/13、8/14、8/15、8/16、8/17、8/18、8/19、8/20、9/5、9/6、9/7、9/8、9/10、9/11、9/12、9/13、9/14、9/15、9/16、9/17、9/18、9/19、9/20、10/5、10/6、10/7、10/8、10/9、10/11、10/12、10/13、10/14、10/15、10/16、10/17、10/18、10/19、10/20、11/5、11/6、11/7、11/8、11/9、11/10、11/12、11/13、11/14、11/15、11/16、11/17、11/18、11/19、11/20、12/5、12/6、12/7、12/8、12/9、12/10、12/11、12/13、12/14、12/15、12/16、12/17、12/18、12/19、12/20、13/5、13/6、13/7、13/8、13/9、13/10、13/11、13/12、13/14、13/15、13/16、13/17、13/18、13/19、13/20、14/5、14/6、14/7、14/8、14/9、14/10、14/11、14/12、14/13、14/15、14/16、14/17、14/18、14/19、14/20、15/5、15/6、15/7、15/8、15/9、15/10、15/11、15/12、15/13、15/14、15/16、15/17、15/18、15/19、15/20、16/5、16/6、16/7、16/8、16/9、16/10、16/11、16/12、16/13、16/14、16/15、16/17、16/18、16/19、16/20、17/5、17/6、17/7、17/8、17/9、17/10、17/11、17/12、17/13、17/14、17/15、17/16、17/18、17/19、17/20、18/5、18/6、18/7、18/8、18/9、18/10、18/11、18/12、18/13、18/14、18/15、18/16、18/17、18/19、18/20、19/5、19/6、19/7、19/8、19/9、19/10、19/11、19/12、19/13、19/14、19/15、19/16、19/17、19/18、19/20、20/5、20/6、20/7、20/8、20/9、20/10、20/11、20/12、20/13、20/14、20/15、20/16、20/17、20/18或20/19不对称内环，其中第一个数字是从所述向导-靶RNA支架的工程化向导RNA侧贡献给所述对称内环或所述不对称内环的核苷酸的数量，并且第二个数字是从所述向导-靶RNA支架的靶RNA侧贡献给所述对称内环或所述不对称内环的核苷酸的数量。 10.如权利要求1-3中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环是不对称内环并且所述第二内环是对称内环。 11.如权利要求10所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环是不对称内环，其为5/6、5/7、5/8、5/9、5/10、5/11、5/12、5/13、5/14、5/15、5/16、5/17、5/18、5/19、5/20、6/5、6/7、6/8、6/9、6/10、6/11、6/12、6/13、6/14、6/15、6/16、6/17、6/18、6/19、6/20、7/5、7/6、7/8、7/9、7/10、7/11、7/12、7/13、7/14、7/15、7/16、7/17、7/18、7/19、7/20、8/5、8/6、8/7、8/9、8/10、8/11、8/12、8/13、8/14、8/15、8/16、8/17、8/18、8/19、8/20、9/5、9/6、9/7、9/8、9/10、9/11、9/12、9/13、9/14、9/15、9/16、9/17、9/18、9/19、9/20、10/5、10/6、10/7、10/8、10/9、10/11、10/12、10/13、10/14、10/15、10/16、10/17、10/18、10/19、10/20、11/5、11/6、11/7、11/8、11/9、11/10、11/12、11/13、11/14、11/15、11/16、11/17、11/18、11/19、11/20、12/5、12/6、12/7、12/8、12/9、12/10、12/11、12/13、12/14、12/15、12/16、12/17、12/18、12/19、12/20、13/5、13/6、13/7、13/8、13/9、13/10、13/11、13/12、13/14、13/15、13/16、13/17、13/18、13/19、13/20、14/5、14/6、14/7、14/8、14/9、14/10、14/11、14/12、14/13、14/15、14/16、14/17、14/18、14/19、14/20、15/5、15/6、15/7、15/8、15/9、15/10、15/11、15/12、15/13、15/14、15/16、15/17、15/18、15/19、15/20、16/5、16/6、16/7、16/8、16/9、16/10、16/11、16/12、16/13、16/14、16/15、16/17、16/18、16/19、16/20、17/5、17/6、17/7、17/8、17/9、17/10、17/11、17/12、17/13、17/14、17/15、17/16、17/18、17/19、17/20、18/5、18/6、18/7、18/8、18/9、18/10、18/11、18/12、18/13、18/14、18/15、18/16、18/17、18/19、18/20、19/5、19/6、19/7、19/8、19/9、19/10、19/11、19/12、19/13、19/14、19/15、19/16、19/17、19/18、19/20、20/5、20/6、20/7、20/8、20/9、20/10、20/11、20/12、20/13、20/14、20/15、20/16、20/17、20/18或20/19不对称内环；并且其中所述第二内环是对称内环，其为5/5、6/6、7/7、8/8、9/9、10/10、11/11、12/12、13/13、14/14、15/15、16/16、17/17、18/18、19/19或20/20对称内环，其中第一个数字是从所述向导-靶RNA支架的工程化向导RNA侧贡献给所述对称内环或所述不对称内环的核苷酸的数量，并且第二个数字是从所述向导-靶RNA支架的靶RNA侧贡献给所述对称内环或所述不对称内环的核苷酸的数量。 12.如权利要求1-11中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环和所述第二内环包含相同数量的碱基。 13.如权利要求1-11中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环和所述第二内环包含不同数量的碱基。 14.如权利要求1-11中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环包含的碱基数量大于所述第二内环。 15.如权利要求1-11中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环包含的碱基数量大于所述第一内环。 16.如权利要求1-11中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环和所述第二内环独立地包含所述工程化向导RNA的至少约5个碱基到至少约20个碱基和所述靶RNA的至少约5个碱基到至少约20个碱基。 17.如权利要求1-16中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含胞嘧啶，当所述工程化向导RNA与所述靶RNA杂交时，所述胞嘧啶存在于所述向导-靶RNA支架中，与由所述RNA编辑实体编辑的所述在靶腺苷相对，从而在所述向导-靶RNA支架中形成A/C错配。 18.如权利要求17所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环和所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基和所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距相同数量的碱基。 19.如权利要求17-18中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距至少约5个碱基。 20.如权利要求17-18中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约1个碱基至与所述A/C错配相距约30个碱基；任选地其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距6个碱基、10个碱基、12个碱基或15个碱基。 21.如权利要求17-18中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距至少约12个碱基。 22.如权利要求17-18中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约12个碱基至与所述A/C错配相距约40个碱基；任选地其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距24个碱基、30个碱基、33个碱基或34个碱基。 23.如权利要求1-22中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是选自由以下组成的组的mRNA：ABCA4、APP、CFTR、DMPK、DUX4、GAPDH、GBA、GRN、HEXA、LIPA、LRRK2、MAPT、PINK1、PMP22、SERPINA1、SNCA或SOD1、这些中的任一个的片段，以及它们的任何组合。 24.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是ABCA4，并且其中所述ABCA4包含选自由以下组成的组的用于RNA编辑的靶突变：G6320A；G5714A；G5882A；以及它们的任何组合。 25.如权利要求24所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约5个碱基至与所述A/C错配相距约15个碱基。 26.如权利要求25所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距15个碱基。 27.如权利要求24-26中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约12个碱基至与所述A/C错配相距约40个碱基。 28.如权利要求27所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距33个碱基。 29.如权利要求24-28中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含与SEQ ID NO:1-105、2729-2761或2772-2843中的任一个具有至少80％、85％、90％、92％、95％、97％或99％序列同一性的多核苷酸序列。 30.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA为APP，并且其中将靶突变引入所述APP RNA中，其中由修饰后的所述APP RNA编码的多肽包含选自由以下组成的组的多肽突变：K670E、K670R、K670G、M671V、A673V、A673T、D672G、E682G、H684R、K687R、K687E、K687G、I712X、T714X以及它们的任何组合。 31.如权利要求30所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约5个碱基至与所述A/C错配相距约20个碱基。 32.如权利要求31所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距10个碱基。 33.如权利要求30-32中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约15个碱基至与所述A/C错配相距约40个碱基。 34.如权利要求33所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距33个碱基。 35.如权利要求30-34中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含与SEQ ID NO:112-114中的任一个具有至少80％、85％、90％、92％、95％、97％或99％序列同一性的多核苷酸序列。 36.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是SERPINA1，并且其中所述SERPINA编码包含E342K突变的多肽。 37.如权利要求36所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约5个碱基至与所述A/C错配相距约20个碱基。 38.如权利要求37所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距12个碱基。 39.如权利要求36-38中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约12个碱基至与所述A/C错配相距约40个碱基。 40.如权利要求39所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距24个碱基。 41.如权利要求36-40中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含与SEQ ID NO:2762-2768或3083-3086中的任一个具有至少80％、85％、90％、92％、95％、97％或99％序列同一性的多核苷酸序列。 42.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是LRRK2，并且其中所述LRRK2编码具有选自由以下组成的组的多肽突变的多肽：E10L、A30P、S52F、E46K、A53T、L119P、A211V、C228S、E334K、N363S、V366M、A419V、R506Q、N544E、N551K、A716V、M712V、I723V、P755L、R793M、I810V、K871E、Q923H、Q930R、R1067Q、S1096C、Q1111H、I1122V、A1151T、L1165P、I1192V、H1216R、S1228T、P1262A、R1325Q、I1371V、R1398H、T1410M、D1420N、R1441G、R1441H、A1442P、P1446L、V1450I、K1468E、R1483Q、R1514Q、P1542S、V1613A、R1628P、M1646T、S1647T、Y1699C、R1728H、R1728L、L1795F、M1869V、M1869T、L1870F、E1874X、R1941H、Y2006H、I2012T、G2019S、I2020T、T2031S、N2081D、T2141M、R2143H、Y2189C、T2356I、G2385R、V2390M、E2395K、M2397T、L2466H、Q2490NfsX3，以及它们的任何组合。 43.如权利要求42所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约7个碱基至与所述A/C错配相距约30个碱基。 44.如权利要求43所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距10个碱基。 45.如权利要求42-44中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约18个碱基至与所述A/C错配相距约34个碱基。 46.如权利要求45所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距34个碱基。 47.如权利要求42-46中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含与SEQ ID NO:118-167、2686-2728、2769-2771、2844-3078或3081-3082中的任一个具有至少80％、85％、90％、92％、95％、97％或99％序列同一性的多核苷酸序列。 48.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是SNCA，并且其中所述SNCA包含选自由以下组成的组的用于RNA编辑的靶突变：密码子1和密码子5中翻译起始位点(TIS)ATG至GTG；外显子2中位置265处的AUG。 49.如权利要求48所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约6个碱基至与所述A/C错配相距约20个碱基。 50.如权利要求49所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距6个碱基。 51.如权利要求48-50中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约15个碱基至与所述A/C错配相距约38个碱基。 52.如权利要求51所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距34个碱基。 53.如权利要求48-52中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含与SEQ ID NO:2480-2681中的任一个具有至少80％、85％、90％、92％、95％、97％或99％序列同一性的多核苷酸序列。 54.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是MAPT，并且其中所述MAPT在翻译起始位点(TIS)处包含用于RNA编辑的靶突变。 55.如权利要求54所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约5个碱基至与所述A/C错配相距约15个碱基。 56.如权利要求55所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距15个碱基。 57.如权利要求54-56中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约12个碱基至与所述A/C错配相距约40个碱基。 58.如权利要求57所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距33个碱基。 59.如权利要求54-58中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含与SEQ ID NO:115-117、1519-2479或2682-2685中的任一个具有至少80％、85％、90％、92％、95％、97％或99％序列同一性的多核苷酸序列。 60.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是DUX4。 61.如权利要求60所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约1个碱基至与所述A/C错配相距约20个碱基。 62.如权利要求61所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距6个碱基。 63.如权利要求60-62中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约15个碱基至与所述A/C错配相距约40个碱基。 64.如权利要求63所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距33个碱基。 65.如权利要求60-64中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含与SEQ ID NO:172-1518中的任一个具有至少80％、85％、90％、92％、95％、97％或99％序列同一性的多核苷酸序列。 66.如权利要求23所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是GRN。 67.如权利要求66所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距约5个碱基至与所述A/C错配相距约20个碱基。 68.如权利要求67所述的工程化向导RNA，其中所述第一内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第一内环的碱基，与所述A/C错配相距12个碱基。 69.如权利要求66-68中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距约18个碱基至与所述A/C错配相距约38个碱基。 70.如权利要求69所述的工程化向导RNA，其中所述第二内环被定位成相对于最接近所述A/C错配的所述第二内环的碱基，与所述A/C错配相距34个碱基。 71.如权利要求1-70中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含至少约60个碱基的长度。 72.如权利要求1-71中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA包含约65个碱基至约150个碱基的长度。 73.如权利要求1-72中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述至少一个结构特征包括凸起。 74.如权利要求73所述的工程化向导RNA，其中所述凸起包括不对称凸起。 75.如权利要求73所述的工程化向导RNA，其中所述凸起包括对称凸起。 76.如权利要求73-75中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述凸起独立地包含所述工程化向导RNA的约1个碱基至约4个碱基和所述靶RNA的约0个碱基至约4个碱基。 77.如权利要求1-76中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述至少一个结构特征包括内环。 78.如权利要求77所述的工程化向导RNA，其中所述内环包括不对称内环。 79.如权利要求77所述的工程化向导RNA，其中所述内环包括对称内环。 80.如权利要求77-79中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述内环独立地包含所述工程化向导RNA或所述靶RNA的约5至约10个碱基。 81.如权利要求1-80中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述至少一个结构特征包括发夹。 82.如权利要求81所述的工程化向导RNA，其中所述发夹包含约3个碱基至约15个碱基的长度。 83.如权利要求1-82中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述RNA编辑实体对于哺乳动物细胞来说是内源性的。 84.如权利要求1-83中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述RNA编辑实体是作用于RNA的腺苷脱氨酶(ADAR)酶、其催化活性片段或其融合多肽。 85.如权利要求84所述的工程化向导RNA，其中所述RNA编辑实体是所述ADAR酶。 86.如权利要求85所述的工程化向导RNA，其中所述ADAR酶包括人ADAR(hADAR)。 87.如权利要求85所述的工程化向导RNA，其中所述ADAR酶包括ADAR1或ADAR2。 88.如权利要求1-87中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述靶RNA是mRNA或前mRNA。 89.如权利要求1-88中任一项所述的工程化向导RNA，其还包含至少一种化学修饰。 90.如权利要求89所述的工程化向导RNA，其中所述至少一种化学修饰包括所述工程化向导RNA的核苷酸的核糖上的2’-O-甲基。 91.如权利要求89所述的工程化向导RNA，其中所述至少一种化学修饰包括所述工程化向导RNA的骨架的硫代磷酸酯修饰。 92.如权利要求1-91中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导包含至少约65个碱基的总多核苷酸长度。 93.如权利要求1-92中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导包含约65个碱基至约100个碱基的总多核苷酸长度范围。 94.如权利要求1-93中任一项所述的工程化向导RNA，其中所述工程化向导RNA是环形向导RNA。 95.一种多核苷酸，其编码如权利要求1-94中任一项所述的工程化向导RNA。 96.一种递送媒介物，其包含如权利要求1-94中任一项所述的工程化向导RNA或如权利要求95所述的多核苷酸。 97.如权利要求96所述的递送媒介物，其中所述递送媒介物选自由以下组成的组：递送载体、脂质体、颗粒以及它们的任何组合。 98.如权利要求96-97中任一项所述的递送媒介物，其包含所述递送载体，其中所述至少一种递送载体包括病毒载体。 99.如权利要求98所述的递送媒介物，其中所述病毒载体包括腺相关病毒(AAV)载体或其衍生物。 100.如权利要求99所述的递送媒介物，其中所述AAV载体或其衍生物来自具有选自由以下组成的组的血清型的腺相关病毒：AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV.HSC16和AAVhu68。 101.如权利要求99或100所述的递送媒介物，其中所述AAV载体或其衍生物是重组AAV(rAAV)载体、杂合AAV载体、嵌合AAV载体、单链AAV(ss-AAV)、自身互补AAV(scAAV)载体或它们的任何组合。 102.一种药物组合物，其包含： a.如权利要求1-94中任一项所述的工程化向导RNA、如权利要求95所述的多核苷酸，或如权利要求96-101中任一项所述的递送媒介物；以及 b.药学上可接受的赋形剂、稀释剂或载剂。 103.一种治疗有需要的受试者的疾病的方法，所述方法包括：向所述受试者施用有效量的如权利要求1-94中任一项所述的工程化向导RNA、如权利要求95所述的多核苷酸、如权利要求96-101中任一项所述的递送媒介物，或如权利要求102所述的药物组合物，其中所述有效量足以治疗所述受试者的所述疾病。 104.如权利要求103所述的方法，其中所述施用是鞘内、眼内、玻璃体内、视网膜、静脉内、肌肉内、心室内、大脑内、小脑内、脑室内、实质内、皮下，或它们的组合。 105.如权利要求103或104所述的方法，其中所述疾病是黄斑变性。 106.如权利要求103-105中任一项所述的方法，其中所述疾病是斯塔加特病。 107.如权利要求103-104中任一项所述的方法，其中所述疾病包括神经系统疾病。 108.如权利要求107所述的方法，其中所述神经系统疾病包括帕金森病、阿尔茨海默病、Tau蛋白病或痴呆。 109.如权利要求103-104中任一项所述的方法，其中所述疾病包括肝脏疾病。 110.如权利要求109所述的方法，其中所述肝脏疾病包括肝硬化。 111.如权利要求109所述的方法，其中所述肝脏疾病包括α-1抗胰蛋白酶缺乏症(AAT缺乏症)。 112.如权利要求106所述的方法，其中所述靶RNA是ABCA4。 113.如权利要求112所述的方法，其中所述ABCA4包含选自由以下组成的组的用于RNA编辑的靶突变：G6320A；G5714A；G5882A；以及它们的任何组合。 114.如权利要求103-113中任一项所述的方法，其中所述受试者被诊断患有所述疾病。 115.一种改善工程化向导RNA的编辑效率的方法，所述工程化向导RNA被构造用于促进通过RNA编辑实体对靶RNA中的腺苷的编辑，其中在杂交时，所述工程化向导RNA和所述靶RNA的序列形成向导-靶RNA支架，其中所述向导-靶RNA支架包含：包含至少一个选自由以下组成的组的结构特征的区域：凸起、摆动碱基对、内环、错配、发夹以及它们的任何组合，其中，在所述向导-靶RNA支架与RNA编辑实体接触时，所述RNA编辑实体编辑所述向导-靶RNA支架内的所述靶RNA中的在靶腺苷， 所述方法包括将第一序列和第二序列插入所述工程化向导RNA中，当所述工程化向导RNA与所述靶RNA杂交时，所述第一序列和所述第二序列分别在所述向导-靶RNA支架的所述区域的相对末端形成第一内环和第二内环；其中相对于缺乏所述第一内环和所述第二内环的其他方面可比的工程化向导RNA，所述第一内环和所述第二内环促进所述靶RNA中的所述在靶腺苷的编辑量的增加，从而改善所述工程化向导RNA的编辑效率。 116.如权利要求1-94中任一项所述的工程化向导RNA、如权利要求95所述的多核苷酸、如权利要求96-101中任一项所述的递送媒介物，或如权利要求102所述的药物组合物，其用于治疗疾病。 117.如权利要求116所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中药物通过鞘内、眼内、玻璃体内、视网膜、静脉内、肌肉内、心室内、大脑内、小脑内、脑室内、实质内或皮下途径或它们的组合施用。 118.如权利要求116或117所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述疾病是黄斑变性。 119.如权利要求116-118中任一项所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述疾病是斯塔加特病。 120.如权利要求116-117中任一项所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述疾病包括神经系统疾病。 121.如权利要求120所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述神经系统疾病包括帕金森病、阿尔茨海默病、Tau蛋白病或痴呆。 122.如权利要求116-117中任一项所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述疾病包括肝脏疾病。 123.如权利要求122所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述肝脏疾病包括肝硬化。 124.如权利要求122所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述肝脏疾病包括α-1抗胰蛋白酶缺乏症(AAT缺乏症)。 125.如权利要求119所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述靶RNA是ABCA4。 126.如权利要求125所述的使用的工程化向导RNA、多核苷酸、递送媒介物或药物组合物，其中所述ABCA4包含选自由以下组成的组的用于RNA编辑的靶突变：G6320A；G5714A；G5882A；以及它们的任何组合。