CD8多肽、组合物及其使用方法
本公开涉及能够共表达T细胞受体(“TCR”)连同CD8多肽的T细胞及其在过继细胞疗法中的用途。本公开进一步提供经修饰的CD8序列、载体及其相关联的方法。
发明专利
CN202180094098.X
2021-12-28
CN117545843A
2024-02-09
C12N15/62(2006.01)
伊玛提克斯美国公司
G·巴杰瓦;M·卡拉;M·马塔
美国得克萨斯州休斯顿
北京坤瑞律师事务所
封新琴
美国;US
1.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含以下核酸序列，所述核酸序列编码：(a)包含α分离的链和β链的T细胞受体(TCR)以及包含α链和β链的CD8多肽，或(b)包含α链和β链的TCR以及包含α链而不包含β链的CD8多肽，其中TCRα链和TCRβ链选自SEQ ID NO:15和16、17和18、19和20、21和22、23和24、25和26、27和28、29和30、31和32、33和34、35和36、37和38、39和40、41和42、43和44、45和46、47和48、49和50、51和52、53和54、55和56、57和58、59和60、61和62、63和64、65和66、67和68、69和70、71和303、304和74、75和76、77和78、79和80、81和82、83和84、85和86、87和88、89和90以及91和92，其中CD8α链为SEQ ID NO:7、258、259、262或其变体，并且其中CD8β链为SEQ ID NO:8、9、10、11、12、13或14。 2.根据权利要求1所述的分离的核酸，其中所述TCRα链和所述TCRβ链选自SEQ ID NO:15和16、57和58、59和60、61和62、63和64、65和66、67和68、69和70以及71和303。 3.根据权利要求1或2所述的分离的核酸，其中所述核酸序列包含与SEQ ID NO:267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、295、297、299或301的核酸序列至少80％相同的核酸。 4.根据权利要求3所述的分离的核酸，其中所述核酸序列与SEQ ID NO:267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、295、297、299或301的核酸序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同。 5.根据权利要求1至4中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸包含SEQ ID NO:267的核酸序列。 6.根据权利要求1至4中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸包含SEQ ID NO:279的核酸序列。 7.一种分离的多肽，所述分离的多肽由根据权利要求1至6中任一项所述的核酸编码。 8.一种分离的多肽，所述分离的多肽包含与SEQ ID NO:268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、296、298、300或302的氨基酸序列至少约80％相同的氨基酸序列。 9.根据权利要求8所述的分离的多肽，其中所述氨基酸序列与SEQ ID NO:268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、296、298、300或302的氨基酸序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同。 10.根据权利要求7至9中任一项所述的分离的多肽，其中所述氨基酸包含SEQ ID NO:268的氨基酸序列。 11.根据权利要求7至9中任一项所述的分离的多肽，其中所述氨基酸包含SEQ ID NO:280的氨基酸序列。 12.一种载体，所述载体包含根据权利要求1至6中任一项所述的核酸。 13.根据权利要求12所述的载体，其中所述载体进一步包含位于编码所述CD8α链的核酸与编码所述CD8β链的核酸之间的编码2A肽或内部核糖体进入位点(IRES)的核酸。 14.根据权利要求12或13所述的载体，其中所述载体进一步包含位于编码所述TCRα链的核酸与编码所述TCRβ链的核酸之间的编码2A肽或IRES的核酸。 15.根据权利要求14所述的载体，其中所述2A肽为P2A(SEQ ID NO:93)、T2A(SEQ IDNO:94)、E2A(SEQ ID NO:95)或F2A(SEQ ID NO:96)。 16.根据权利要求12至15中任一项所述的载体，其中所述载体进一步包含选自以下各项的转录后调节元件(PRE)序列：土拨鼠PRE(WPRE)、土拨鼠PRE(WPRE)突变体1、土拨鼠PRE(WPRE)突变体2或乙型肝炎病毒(HBV)PRE(HPRE)。 17.根据权利要求16所述的载体，其中所述转录后调节元件(PRE)序列为包含SEQ IDNO:256的氨基酸序列的土拨鼠PRE(WPRE)突变体1。 18.根据权利要求16所述的载体，其中所述转录后调节元件(PRE)序列为包含SEQ IDNO:257的氨基酸序列的土拨鼠PRE(WPRE)突变体2。 19.根据权利要求12至18中任一项所述的载体，其中所述载体进一步包含选自以下各项的启动子：巨细胞病毒(CMV)启动子、磷酸甘油酸激酶(PGK)启动子、髓鞘碱性蛋白(MBP)启动子、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)启动子、经修饰的包含骨髓增殖性肉瘤病毒增强子(MNDU3)的MoMuLV LTR、泛素C启动子、EF-1α启动子或鼠干细胞病毒(MSCV)启动子。 20.根据权利要求12至19中任一项所述的载体，其中所述载体为病毒载体或非病毒载体。 21.根据权利要求20所述的载体，其中所述载体为病毒载体。 22.根据权利要求21所述的载体，其中所述病毒载体选自以下各项：腺病毒、痘病毒、甲病毒、沙粒病毒、黄病毒、弹状病毒、逆转录病毒、慢病毒、疱疹病毒、副黏病毒、小核糖核酸病毒以及它们的组合。 23.根据权利要求21或22所述的载体，其中所述载体用选自以下各项的病毒的包膜蛋白假型化：天然猫科动物内源性病毒(RD114)、一种形式的RD114(RD114TR)、长臂猿白血病病毒(GALV)、一种形式的GALV(GALV-TR)、双嗜性鼠白血病病毒(MLV 4070A)、杆状病毒(GP64)、水疱性口炎病毒(VSV-G)、鸡瘟病毒(FPV)、埃博拉病毒(EboV)或狒狒逆转录病毒包膜糖蛋白(BaEV)和淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)。 24.根据权利要求12至23中任一项所述的载体，其中所述载体为慢病毒载体。 25.根据权利要求12至24中任一项所述的载体，其中所述载体进一步包含编码嵌合抗原受体(CAR)的核酸。 26.一种分离的T细胞，所述分离的T细胞用根据权利要求1至5中任一项所述的核酸转导。 27.一种分离的T细胞，所述分离的T细胞被转导以表达根据权利要求6至10中任一项所述的多肽。 28.一种分离的T细胞，所述分离的T细胞用根据权利要求12至25中任一项所述的载体转导。 29.根据权利要求26至28中任一项所述的细胞，其中所述细胞为αβT细胞、γδT细胞和/或自然杀伤T细胞。 30.根据权利要求29所述的细胞，其中所述αβT细胞为CD4+T细胞。 31.根据权利要求29所述的细胞，其中所述αβT细胞为CD8+T细胞。 32.根据权利要求29所述的细胞，其中所述γδT细胞为Vγ9Vδ2+T细胞。 33.一种γδT细胞，所述γδT细胞表达根据权利要求6至10中任一项所述的多肽。 34.一种αβT细胞，所述αβT细胞表达根据权利要求6至10中任一项所述的多肽。 35.一种组合物，所述组合物包含根据权利要求26至34中任一项所述的T细胞。 36.根据权利要求35所述的组合物，其中所述组合物为药物组合物。 37.根据权利要求35或36所述的组合物，其中所述组合物进一步包含佐剂、赋形剂、载剂、稀释剂、缓冲剂、稳定剂或它们的组合。 38.根据权利要求35或36所述的组合物，其中所述组合物进一步包含佐剂。 39.根据权利要求37或38所述的组合物，其中所述佐剂为抗CD40抗体、咪喹莫特、瑞喹莫德、GM-CSF、环磷酰胺、舒尼替尼、贝伐珠单抗、阿替利珠单抗、干扰素-α、干扰素-β、CpG寡核苷酸和衍生物、聚肌胞苷酸和衍生物、RNA、西地那非、包含聚乙丙交酯(PLG)的颗粒制剂、病毒微体、白介素1(IL-1)、白介素2(IL-2)、白介素4(IL-4)、白介素7(IL-7)、白介素12(IL-12)、白介素13(IL-13)、白介素15(IL-15)、白介素21(IL-21)、白介素-23(IL-23)以及它们的组合。 40.一种制备用于免疫疗法的T细胞的方法，所述方法包括 从人受试者的血液样品中分离出T细胞， 活化分离的T细胞， 用根据权利要求1至6中任一项所述的核酸或根据权利要求12至25中任一项所述的载体转导活化的T细胞，以及 扩增转导的T细胞。 41.根据权利要求40所述的方法，其中所述血液样品包含外周血单核细胞(PMBC)。 42.根据权利要求40或41所述的方法，其中所述活化包括使所述T细胞与抗CD3抗体和抗CD28抗体接触。 43.根据权利要求40至42中任一项所述的方法，其中所述T细胞为CD4+T细胞。 44.根据权利要求40至42中任一项所述的方法，其中所述T细胞为CD8+T细胞。 45.根据权利要求40或41所述的方法，其中所述T细胞为γδT细胞或αβT细胞。 46.根据权利要求40至45中任一项所述的方法，其中活化和/或扩增步骤在存在IL-2和IL-15的组合以及任选地存在唑来膦酸盐的情况下进行。 47.一种治疗患有癌症的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用根据权利要求35至39中任一项所述的组合物，其中所述癌症选自由以下各项组成的组：非小细胞肺癌、小细胞肺癌、黑色素瘤、肝癌、乳腺癌、子宫癌、梅克尔细胞癌、胰腺癌、胆囊癌、胆管癌、结直肠癌、膀胱癌、肾癌、白血病、卵巢癌、食管癌、脑癌、胃癌和前列腺癌。 48.一种在患有癌症的患者中引发免疫应答的方法，所述方法包括向所述患者施用根据权利要求35至39中任一项所述的组合物，其中所述癌症选自由以下各项组成的组：非小细胞肺癌、小细胞肺癌、黑色素瘤、肝癌、乳腺癌、子宫癌、梅克尔细胞癌、胰腺癌、胆囊癌、胆管癌、结直肠癌、膀胱癌、肾癌、白血病、卵巢癌、食管癌、脑癌、胃癌和前列腺癌。 49.根据权利要求47或48所述的方法，其中所述T细胞杀伤在表面上呈递包含MHC分子的复合物中的肽的癌细胞，其中所述肽由SLLQHLIGL(SEQ ID NO:147)的氨基酸序列组成。 50.根据权利要求1至4中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸包含SEQ ID NO:285或301的核酸序列。 51.根据权利要求7至9中任一项所述的分离的多肽，其中所述氨基酸包含SEQ ID NO:286或302的氨基酸序列。 52.根据权利要求14所述的载体，其中所述IRES选自由以下各项组成的组：来自小核糖核酸病毒的IRES、来自黄病毒的IRES、来自瘟病毒的IRES、来自逆转录病毒的IRES、来自慢病毒的IRES、来自昆虫RNA病毒的IRES和来自细胞mRNA的IRES。 53.根据权利要求40所述的方法，所述方法进一步包括从所述转导的T细胞中分离出CD4+CD8+T细胞以及扩增所分离的CD4+CD8+转导的T细胞。