一种低成本的CBFB基因断裂快速检测探针及其制备方法和应用
本发明属于分子生物学领域,具体涉及一种低成本的CBFB基因断裂快速检测探针及其制备方法。所述制备方法包括以下步骤:从UCSC Genome Browser下载CBFB基因探针所覆盖区域基因组非重复序列,再将分割后的序列批量导入OligoArray软件进行探针设计,然后将设计后的探针加上标签序列后直接合成,再使用带有荧光基团的标签引物对探针进行扩增和标记,得到CBFB基因断裂快速检测探针。本发明制备所得CBFB基因断裂快速检测探针具有杂交时间短(可在15~30分钟完成杂交实验)、杂交信号明亮、信噪比高、制备成本低等优点。
发明专利
CN201710359174.0
2017-05-19
CN107227346A
2017-10-03
C12Q1/68(2006.01)I
武汉康录生物技术股份有限公司
晏星;李雪梅;叶伦;陈刚
430075 湖北省武汉市东湖高新开发区高新大道666号B4栋4楼
湖北武汉永嘉专利代理有限公司 42102
邬丽明%徐晓琴
湖北;42
一种低成本CBFB基因断裂快速检测探针的制备方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)从UCSC Genome Browser下载CBFB基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列,其中CBFB上游探针覆盖区域为:chr16:66885331‑67101057,CBFB下游探针覆盖区域为:chr16:67122220‑67337946;(2)将步骤(1)获得的CBFB基因上游探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块;将分割后的区块批量导入OligoArray软件进行探针设计、探针筛选,然后将筛选出的探针导出到EXCEL表格中,再分别在每条探针的5’端和3’端加上18bp的标签序列,得到一系列带有标签序列的CBFB基因上游探针序列;(3)将步骤(1)获得的CBFB基因下游探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块;将分割后的区块批量导入OligoArray软件进行探针设计、探针筛选,然后将筛选出的探针导出到EXCEL表格中,再分别在每条探针的5’端和3’端加上18bp的标签序列,得到一系列带有标签系列的CBFB基因下游探针序列;(4)使用DNA合成仪对步骤(2)所得带有标签序列的CBFB基因上游探针序列进行化学合成,将化学合成的探针进行混合,制备得到CBFB基因上游探针库;同理,使用DNA合成仪对步骤(3)所得带有标签系列的CBFB基因下游探针序列进行化学合成,将化学合成的探针进行混合,制备得到CBFB基因下游探针库;(5)分别合成5’端带有绿色荧光基团的M13通用引物和5’端带有橘红色荧光基团的M13通用引物,使用5’端带有绿色荧光基团的M13通用引物对CBFB基因上游探针库进行扩增标记反应,使用5’端带有橘红的荧光基团的M13通用引物对CBFB基因下游探针库进行扩增标记反应;(6)将步骤(5)所得CBFB基因上游探针库的扩增标记产物纯化、稀释后即得到荧光标记的CBFB基因上游探针库,将步骤(5)所得CBFB基因下游探针库的扩增标记产物纯化、稀释后即得到荧光标记的CBFB基因下游探针库,所述荧光标记的CBFB基因上游探针库和荧光标记的CBFB基因下游探针库构成了CBFB基因断裂快速检测探针。