一种低成本的IGH基因断裂快速检测探针及其制备方法和应用

摘要：

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种低成本的IGH基因断裂快速检测探针及其制备方法。所述制备方法包括以下步骤：从UCSC Genome Browser下载IGH基因探针所覆盖区域基因组非重复序列，再将分割后的序列批量导入OligoArray软件进行探针设计，然后将设计后的探针加上标签序列后直接合成，再使用带有荧光基团的标签引物对探针进行扩增和标记，得到IGH基因断裂快速检测探针。本发明制备所得IGH基因断裂快速检测探针具有杂交时间短(可在15～30分钟完成杂交实验)、杂交信号明亮、信噪比高、制备成本低等优点。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN201710358008.9

申请日期：2017-05-19

公开/公告号：CN107513560A

公开/公告日：2017-12-26

主分类号：C12Q1/68(2006.01)I

申请/专利权人:武汉康录生物技术股份有限公司

发明/设计人:晏星;李雪梅;叶伦;陈刚

主申请人地址:430075 湖北省武汉市东湖高新开发区高新大道666号B4栋4楼

专利代理机构:湖北武汉永嘉专利代理有限公司 42102

代理人:邬丽明%徐晓琴

国别省市代码:湖北;42

权利要求：

一种低成本IGH基因断裂快速检测探针的制备方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)从UCSC Genome Browser下载IGH基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列，其中IGH上游探针覆盖区域为：chr15 74089693～74634008，IGH下游探针覆盖区域为：chr17 38059674～38977709；(2)将步骤(1)获得的IGH基因上游探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块；将分割后的区块批量导入OligoArray软件进行探针设计、探针筛选，然后将筛选出的探针导出到EXCEL表格中，再分别在每条探针的5’端和3’端加上18bp的标签序列，得到一系列带有标签序列的IGH基因上游探针序列；(3)将步骤(1)获得的IGH基因下游探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块；将分割后的区块批量导入OligoArray软件进行探针设计、探针筛选，然后将筛选出的探针导出到EXCEL表格中，再分别在每条探针的5’端和3’端加上18bp的标签序列，得到一系列带有标签系列的IGH基因下游探针序列；(4)使用DNA合成仪对步骤(2)所得带有标签序列的IGH基因上游探针序列进行化学合成，将化学合成的探针进行混合，制备得到IGH基因上游探针库；同理，使用DNA合成仪对步骤(3)所得带有标签系列的IGH基因下游探针序列进行化学合成，将化学合成的探针进行混合，制备得到IGH基因下游探针库；(5)分别合成5’端带有绿色荧光基团的M13通用引物和5’端带有橘红色荧光基团的M13通用引物，使用5’端带有绿色荧光基团的M13通用引物对IGH基因上游探针库进行扩增标记反应，使用5’端带有橘红的荧光基团的M13通用引物对IGH基因下游探针库进行扩增标记反应；(6)将步骤(5)所得IGH基因上游探针库的扩增标记产物纯化、稀释后即得到荧光标记的IGH基因上游探针库，将步骤(5)所得IGH基因下游探针库的扩增标记产物纯化、稀释后即得到荧光标记的IGH基因下游探针库，所述荧光标记的IGH基因上游探针库和荧光标记的IGH基因下游探针库构成了IGH基因断裂快速检测探针。