一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法及应用

摘要：

本发明涉及一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法，包括步骤：（1）获得与需要分析的性状相关的基因片段，确定与所述性状相关的SNP位点及其基因型；（2）分析所述SNP位点与所述性状的关联性，具体计算方法如下：当所述SNP位点的数量为1时，所述SNP位点与所述性状之间的关联性为所述SNP位点的直接影响力；当所述SNP位点的数量为2个以上时，所述第i个SNP位点与性状之间的关联性为所述第i个SNP位点的直接影响力和其所有间接影响力之和。本发明解决了现有技术在筛查和评价众多SNP位点对性状的遗传效应分析方面的空白，简便易行，准确率高，分析速度快，省去了很多复杂的试验，省时省力。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN201310058894.5

申请日期：2013-02-25

公开/公告号：CN103146821A

公开/公告日：2013-06-12

主分类号：C12Q1/68(2006.01)I

申请/专利权人:安徽农业大学

发明/设计人:陈宏权;陈华

主申请人地址:230036 安徽省合肥市长江西路130号

专利代理机构:北京双收知识产权代理有限公司 11241

代理人:王菊珍

国别省市代码:安徽;34

权利要求：

一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于：包括如下步骤：（1）获得与需要分析的性状相关的基因片段，确定与所述性状相关的SNP位点及其基因型；（2）分析所述SNP位点与所述性状直接的关联性，具体计算方法如下：当所述SNP位点的数量为1时，所述SNP位点与所述性状之间的关联性为所述SNP位点的直接影响力；当所述SNP位点的数量为2个以上时，所述第i个SNP位点与性状之间的关联性为所述第i个SNP位点的直接影响力和其所有间接影响力之和；其中，所述某个SNP位点对所述性状的直接影响力为所述性状基于SNP位点的点遗传力的平方根（hsnp）；所述第i个SNP位点通过第j个SNP位点对性状的间接影响力的计算方法为dij=rijhj，rij为所述第i个SNP位点和所述第j个SNP位点的关联度，hj为所述第j个SNP位点的直接影响力。