一种利用特定rDNA长片段解析真菌菌群结构的方法

摘要：

DGGE和TGGE这两项技术在微生物菌群结构研究中存在的主要不足是，无法通过用于电泳分离的DNA片段上携带的有限序列信息对其真正代表的微生物进行精准的分子鉴定。针对这一点，本发明提供了一种基于特定rDNA长片段的真菌菌群结构分析方法，所述特定rDNA长片段是指一段包含18SrDNA近全长序列和ITS序列的片段，它是由靶向18SrDNA序列的上游引物NS1和靶向ITS序列的下游引物扩增得到的，扩增产物长度大于2000bp。利用特定rDNA长片段的DGGE或TGGE分析方法，可以在保证电泳分离效果的情况下同时获得18SrDNA近全长序列和ITS序列，这样就可以在保证真菌菌群多样性得到良好解析的同时获取十分精准的菌群结构信息，因此本发明可以使DGGE和TGGE技术更加有效地用于真菌菌群结构的解析。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN201310004014.6

申请日期：2013-01-07

公开/公告号：CN103014171A

公开/公告日：2013-04-03

主分类号：C12Q1/68(2006.01)I

申请/专利权人:福州大学

发明/设计人:倪莉;黄志清;刘志彬

主申请人地址:350108 福建省福州市闽侯县上街镇大学城学园路2号福州大学新区

专利代理机构:福州元创专利商标代理有限公司 35100

代理人:蔡学俊

国别省市代码:福建;35

权利要求：

一种利用特定rDNA长片段解析真菌菌群结构的方法，其特征在于：所述特定rDNA长片段是指一段包含18S??rDNA近全长序列和ITS序列的片段，它是由靶向18S??rDNA序列的上游引物NS1和靶向ITS序列的下游引物扩增得到的；所述18S??rDNA近全长序列是指一端起始于引物NS1对应区域直至另外一端的序列，长约1780bp，相当于Saccharomyces??cerevisiae标准菌株NCYC??505的18S??rDNA序列的20??1800位点；所述靶向ITS序列的下游引物必须与NS1构成引物对特异性地扩增两者结合位点之间的片段，并且扩增片段长度大于2000bp。