使用核酸阵列分析甲基化状态

摘要：

本方面公开了扩增核酸样品同时保留胞嘧啶的甲基化状态的方法。在某些方面，扩增的甲基化样品被甲基化敏感的修饰方法所修饰，并且通过与阵列杂交来分析，从而鉴定在起始材料中被甲基化的胞嘧啶和在起始材料中没有被甲基化的胞嘧啶。本发明还公开了检测甲基化状态的方法。在一个实施方案中，在扩增反应中引入DNA甲基转移酶活性，这种活性使用甲基化的基因组模板链作为指导，对新合成的DNA进行甲基化。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN200510009558.7

申请日期：2005-02-16

公开/公告号：CN1680594

公开/公告日：2005-10-12

主分类号：C12Q1/68

申请/专利权人:阿菲梅特里克斯公司

发明/设计人:罗伯特·J·利普舒茨;史蒂芬·P.A.·福多尔;希瓦尼·诺蒂亚尔

主申请人地址:美国加利福尼亚州

专利代理机构:中原信达知识产权代理有限责任公司

代理人:杨青%樊卫民

国别省市代码:美国;US

权利要求：

1.一种扩增基因组DNA同时维持甲基化状态的方法，包括：(a)获得含有甲基化基因组DNA的样品；(b)将一条或多条引物与基因组DNA杂交；(c)用DNA聚合酶延伸所述一条或多条引物，产生含有新合成的未甲基化的cDNA链和甲基化的模板链的半甲基化的杂合体；(d)用DNA甲基转移酶活性在存在甲基供体的情况下处理杂合体，其中的DNA甲基转移酶活性使双链DNA中的半甲基化位点甲基化，产生含有新合成的甲基化的cDNA链和甲基化的模板链的甲基化的杂合体；(e)将甲基化的杂合体变性；以及(f)将一条或多条引物与步骤(e)的产物杂交，并且重复步骤(c)和(d)至少1次以产生甲基化的扩增产物。