利用数据性状位点信息进行作物功能基因电子克隆的方法

摘要：

本发明属功能基因电子克隆技术领域，具体为一种利用与作物抗道相关的QTL信息进行作物功能基因电子克隆的方法。该方法选择感兴趣的QTL作为查询探针，利用QTL内部的核苷酸序列进行分析，包括利用QTL序列搜索dbEST库，利用基因预测软件对该QTL序列进行基因预测，并将该序列与该作物基因组BAC文库进行同源比对等步骤，最后根据预测的功能基因设计PCR引物，通过RT-PCR方法获得cDNA克隆。本发明方法预测结果的可靠性高，是发现QTL内部所包含功能基因的一种新方法。本方法对作物没有特异性要求，故具有广泛的适用性。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN200410084571.4

申请日期：2004-11-25

公开/公告号：CN1683530

公开/公告日：2005-10-19

主分类号：C12N15/09

申请/专利权人:复旦大学%上海市农业生物基因中心

发明/设计人:曾华宗;罗利军;钟扬

主申请人地址:200433上海市邯郸路220号

专利代理机构:上海正旦专利代理有限公司

代理人:陆飞%盛志范

国别省市代码:上海;31

权利要求：

1、一种进行作物功能基因电子克隆的方法，其特征在于利用作物抗逆相关的数据性状位点-QTL信息进行功能基因的电子克隆，具体步骤如下：选择感兴趣的QTL作为查询探针，利用QTL内部的核苷酸序列进行如下分析：(1)利用QTL内部的核苷酸序列搜索dbEST库，找到与该序列同源的所有抗逆相关的EST序列；(2)利用基因预测软件对该QTL序列进行基因预测，找到该序列内部所有涉及的基因；(3)将该序列与该作物基因组BAC文库进行同源比对，以找到该序列所对应的作物基因组BAC文库；(4)综合上述三个步骤的结果，将EST序列定位在基因预测结果的相对位置，同时用这些预测的功能基因与作物BAC文库中预测的功能基因进行比较，以进一步预测结果的准备性；(5)最后根据预测的功能基因设计PCR引物，通过RT-PCR的方法获得目的cDNA克隆并进行序列测定验证。