本刊主要刊载海洋生态、海水养殖病害防治、遗传育种、营养与饲料、海洋生物资源调查与评估、环境保护、水产增养殖工程、食品工程、海洋药物、水产品质量检测与质量控制、远洋渔业、海洋捕捞技术，渔船工程、渔业经济、海洋战略研究等方面的研究论文和研究简报等。 多年来，该学报在主编唐启升院士和学报编委会的领导下，严格贯彻执行党和政府的各项方针政策，坚持"百花齐放，百家争鸣"的宗旨，始终把刊物的质量放在首位，严格执行出版行业标准，使《海洋水产研究》学报编排达到标准化、规范化。工作中，密切关注水产事业发展的新动向，对本专业重大的科研成果和最新的研究论文及试验报告做到及时组稿报道，并能结合形势，针对反映当前水产领域的热点、前沿论文及时发表。从近年发表的文章看，绝大多数是国家和有关省、部委下达的重大科研项目的研究成果，其中包括国家攻关项目、国家自然科学基金重大、重点项目，国家863计划项目、国家攀登计划B项目、国家126专项，国家重大基础性研究计划项目（973）等等。