单细胞RNA测序探索多发性硬化患者外周血中免疫细胞特征

摘要：

目的 探讨多发性硬化(Multiple sclerosis,MS)患者外周血中免疫细胞特征.方法 通过GEO(Gene expression omnibus)数据库下载单细胞数据,利用seurat标准程序对数据进行质控、降维及分群后根据临床数据将各类细胞再次分为MS组和健康对照(Health Identify,HI)组,此后对细胞进行类型间和组间的比较分析;在对细胞类型间的转录组变化分析后对差异表达基因进行富集分析明确各细胞类型的功能;进一步对细胞组间基因差异最显著和最多的细胞类型进行亚群分析,比较其上调亚群和下调亚群的转录组变化并进行富集分析.结果 通过对数据标准化和过滤后共获得71592个细胞,经过线性和非线性降维分析后获得21个边界清晰的细胞群,对细胞群注释后将其分为6种细胞类型,包括CD4+T细胞、CD8+T细胞、B细胞、自然杀伤细胞、初始CD8+T细胞、单核细胞-巨噬细胞;转录组的富集分析显示这6种细胞主要与T细胞的活化和受体的激活信号通路相关;亚群的转录组分析显示CD8+T细胞的上调亚群主要与先天性免疫、适应性免疫和N K细胞抑制有关,而CD4+T的亚群主要富集在Ras信号通路相关的T细胞活化过程,并且其亚群中还发现CCL5基因的高表达.结论 M S血液中的基因表达存在明显的细胞类型特异性,并且还发现CD8+T细胞亚群中的高表达基因与N K细胞抑制的通路有关,而在CD4+T细胞的亚群中发现了CCL5基因的早期高表达.

关键词：多发性硬化、单细胞、免疫细胞、血液

所属期刊栏目：30

分类号：R744.5+1(神经病学与精神病学)

资助基金：河南省医学科技攻关计划联合共建项目LHGJ20200598

在线出版日期：2023-03-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：42-48,54