原发性颅内室管膜瘤差异表达核心基因及潜在治疗靶点的跨平台芯片数据分析

摘要：

目的 从分子水平揭示原发性颅内室管膜瘤的发病机制,为临床诊疗提供新思路和新靶点.方法 从公共基因芯片数据库(Gene expression omnibus,GEO)中下载室管膜瘤的相关基因芯片数据,其中原发性颅内室管膜瘤样本280例,正常脑组织样本45例;利用开源R软件中GEOquery,sva,limma,cluster-profiler等软件包、STRING在线数据库、Cytoscape软件等工具对原发性颅内室管膜瘤相关芯片表达信息重新整合并进行生物信息学分析.结果 共分析筛选出1680个原发性颅内室管膜瘤差异基因,其中上调基因383个,下调基因1297个;对其进行生物信息学整合分析发现SYT1,VAMP2,DNM1,SNAP91,SH3GL2,AMPH,DNM3,TF,WNT5A和DNAJC6等10个核心基因以及突触信号调节、神经系统退行性疾病相关通路、MAPK信号通路等通路在室管膜瘤的发生发展中可能起着重要作用;发现Depsipeptide,Ac-tinomycin D,BMS-387032,Homoharringtonine等药物与核心基因密切相关.结论 利用生物信息学的方法能有效整合跨芯片平台并分析基因芯片数据以获取生物内在信息和潜在的治疗靶点,为下一步研究提供些有价值的线索.

关键词：室管膜瘤;基因芯片;差异表达基因;治疗靶点

所属期刊栏目：28

分类号：R739.41(肿瘤学)

资助基金：湖北省自然科学基金2020CFB256

在线出版日期：2021-11-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：566-574