基于TCGA数据挖掘和分子对接技术探讨CKS1B高表达在肺腺癌中的意义及芒柄花素的干预机制

摘要：

目的 通过TCGA数据挖掘和分子对接技术探讨CKS1B高表达在肺腺癌(LUAD)中的意义及芒柄花素的干预机制.方法 从TCGA公共数据库获得肺腺癌患者相关数据集,采用基因表达谱交互分析(GEPIA)在线数据库,分析CKS1B基因表达与LUAD发病之间的关系,同时分析CKS1B基因差异表达的生存曲线,寻找CKS1B基因表达与LUAD患者预后的相关性;采用单因素COX回归分析和多因素COX回归分析CKS1B基因表达与LUAD患者性别,年龄,分期,T分期,N分期等临床相关性,判断CKS1B是否为LUAD独立的临床预后因子;采用GSEA进行基因富集分析,初步判断CKS1B影响的相关通路和作用机制;采用分子对接方法对芒柄花素与CKS1B进行对接,预测其结合模式和亲合力,辅助判断芒柄花素的调控机制.结果 TCGA数据库共获得肿瘤样本535例,癌旁组织59例.与癌旁组织比较,LUAD组织中CKS1B基因表达水平显著升高;CKS1B基因低表达的LUAD患者生存率明显高于CKS1B基因高表达的LUAD患者;男性LUAD患者CKS1B基因表达明显高于女性患者;LUADⅡ期患者CKS1B基因表达显著高于Ⅰ期,Ⅳ期显著高于其他三期;LUAD T2期患者CKS1B基因表达显著高于T1期;LUAD N1期患者CKS1B基因表达显著高于NO期.单因素COX回归分析结果显示,临床分期,T分期,M分期,CKS1B基因表达与总的生存期密切相关;多因素COX回归分析显示,临床分期和CKS1B基因表达可以做为独立的临床预后因子;GSEA富集分析结果显示,CKS1B与糖和核糖代谢,氧化磷酸化,平滑肌损伤,哮喘,p53等信号通路密切相关.分子对接结果显示,芒柄花素与CKS1B存在结合靶点,最低结合能为-5.7 kcal/mol.结论 CKS1B基因是LUAD重要的临床预后因子,芒柄花素可能通过调控CKS1B发挥抗LUAD的作用.

关键词：肺腺癌;CKS1B;TCGA数据库;分子对接;芒柄花素

所属期刊栏目：39

分类号：R273.342

资助基金：国家自然科学基金;济宁医学院附属医院院级"知行"项目

在线出版日期：2021-10-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：78-81,后插10-后插12