基于前列腺癌基因数据集与甲基化数据集筛选前列腺癌预后潜在标志物

摘要：

目的:筛选出前列腺癌预后相关甲基化基因，以期寻找出前列腺癌预后潜在生物标志物。方法:通过GEO数据库，检索到2个前列腺癌相关基因表达数据集（GSE46602、GSE55945）和2个前列腺癌甲基化数据集（GSE112047、GSE76938），并对两类数据集进行甲基化差异基因筛选。使用DAVID数据库对差异基因进行功能注释和通路富集分析。使用STRING数据库和Cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析，并筛选出关键基因。利用TCGA数据库验证关键基因的表达数据和甲基化数据的相关性，同时利用其临床数据验证关键基因表达对预后的影响，最后再对关键基因的预后价值进行评估。结果:共筛选出57个甲基化差异表达基因，其中48个高甲基化低表达基因，9个低甲基化高表达基因。差异基因在代谢途径和肿瘤途径两条通路显著富集。通过蛋白互作网络筛选出6个关键基因，通过TCGA数据库初步验证和进一步预后价值评估发现PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因与前列腺癌预后显著相关。结论:PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因有望成为前列腺癌预后的潜在生物标志物。

关键词：前列腺癌、DNA甲基化、预后生物标志物

所属期刊栏目：05

资助基金：江苏省第十六批"六大人才高峰"项目2019-WSW-218;淮安市自然科学基金项目HAB201730，HAB202117;The Six Talents Peak Programs in Jiangsu Province2019-wsw-218;Natural Science Foundation of Huai'anHAB201730, HAB202117

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：250-256