基于生物信息学方法筛选肺腺癌脑转移潜在生物标志物

摘要：

目的:通过生物信息学方法筛选与肺腺癌脑转移相关的关键枢纽基因，为寻找潜在生物标志物及治疗靶点提供依据。方法:通过检索GEO数据库获取肺腺癌原发灶(GSE10072)及脑转移灶(GSE14108)的基因芯片数据，经R软件筛选差异表达基因(DEGs)并利用clusterProfiler软件包进行DEGs的GO功能注释及KEGG代谢通路分析。利用STRING数据库联合Cytoscape软件进行蛋白互作(PPI)网络分析以筛选关键枢纽基因，并通过Ualcan在线分析工具中的TCGA数据库进行预后分析，以及GSEA分析GSE41271中183例肺腺癌标本，探讨关键基因在调控肿瘤侵袭转移中的应用价值。结果:共筛选出298个DEGs，其中51个基因表达下调，248个基因表达上调。GO功能分析和KEGG代谢通路分析结果显示，这些基因主要涉及细胞外基质组成、体液免疫反应、趋化因子及其受体，并主要富集在泛素介导的蛋白水解、趋化因子信号通路等。PPI分析筛选出8个枢纽基因，其中KLHL5为潜在的肺腺癌脑转移新预测生物标志物。进一步分析表明KLHL5高表达组肿瘤侵袭转移相关通路显著富集，且与肺腺癌患者预后不良相关。结论:细胞外基质的生物作用、趋化因子信号通路以及8个关键枢纽基因可能成为抑制肺腺癌脑转移的潜在治疗靶点。

关键词：脑转移，肺肿瘤、生物信息学、枢纽基因、生物学标志物

所属期刊栏目：03

资助基金：重庆市自然科学基金博士后科学基金项目cstc2019jcyj-bshX0056;国家自然科学基金81972851、1802984

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：205-210