基于生信分析的炎症性肠病-结直肠癌转化关键基因及防治中药筛选

摘要：

目的 通过生信分析筛选参与炎症性肠病-结直肠癌转化的关键基因,并预测具有防治作用的中药.方法 从基因表达综合数据库(Gene expression omnibus database,GEO)下载炎症性肠病芯片GSE75214及结直肠癌芯片GSE44861,使用R软件筛选共同差异表达基因(Differential expressed genes,DEGs);通过STRING 11.0数据库及Cytoscape 3.7.2软件分析DEGs中的关键基因;利用GraphPad Prism 9.0.2软件分别验证关键基因在炎症性肠病芯片GSE9452及Oncomine数据库结直肠癌数据集中的表达情况,最终获得参与炎症性肠病-结直肠癌转化的关键基因.将关键基因导入医学本体信息检索数据库(Coremine Medical),筛选具有防治作用的中药.结果 共筛选出参与炎症性肠病-结直肠癌转化的差异基因173个,筛选并验证后得到9个关键基因,包括 CD44、CXCL8、TIMP1、COL1A1、CXCL1、MMP3、PTGS2、MMP7、SERPINE1,其生物作用主要涉及细胞外基质形成与降解、炎性反应、血栓形成.筛选得到包括黄芩、大黄、山慈菇等在内的具有防治炎症性肠病-结直肠癌转化作用的中药共58味.结论 基于生信分析初步预测得到参与炎性肠病-结直肠癌转化的关键基因及具有防治作用的中药,可为相关中药新药开发提供靶标及研究思路.

关键词：炎症性肠病、结直肠癌、转化、关键基因、防治中药、生信分析、黄芩、大黄、山慈菇

所属期刊栏目：33

分类号：R285.5;R857.3(中药学)

资助基金：国家自然科学基金;周岱翰国医大师传承工作室项目;深圳三名工程广州中医药大学周岱翰国医大师中医肿瘤团队项目;广州中医药大学一流学科研究重大项目;岭南中医肿瘤学术流派传承工作室项目

在线出版日期：2022-05-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：372-379