基于生物信息学方法探讨银屑病关键差异基因的免疫浸润机制及相关中药预测分析

摘要：

目的 探讨银屑病关键差异基因的免疫浸润机制及分析预测相关作用中药.方法 利用基因芯片数据库(Gene Expression Omnibus,GEO),对银屑病基因探针芯片数据进行富集分析和免疫浸润分析.运用R语言及相关安装包程序对银屑病差异基因进行基因本体论(GO)及基因通路富集分析(KEGG);通过CIBERSORT反卷法对22类免疫细胞在银屑病的含量及比例进行分析;利用COREMINE数据库对明显富集的免疫相关的生物学过程及核心靶基因进行中药预测.结果 银屑病相关的蛋白网络互作关键靶基因涉及KIF2C、BUB1、BUB1B等14个靶基因,涉及中性粒细胞活化、淋巴细胞迁移、白细胞趋化性等多种免疫相关途径,与自身免疫、炎症、心肌代谢通路密切相关.CIBERSORT反卷积法对银屑病的免疫相关性分析中,调节性T细胞、活化的树突状细胞与活化的CD4+记忆性T细胞呈正相关,而活化的树突状细胞与静息肥大细胞、巨噬细胞M2呈负相关.在总体样本中,与正常皮肤组织组相比,银屑病皮损组织中中性粒细胞、活化的树突状细胞、静息的CD4+记忆T细胞明显增高,而静息肥大细胞则明显减少,而在配对样本中记忆B细胞在银屑病组织中呈现上升趋势,而调节性T细胞呈下降趋势.免疫相关性分析中,调节性T细胞、活化的树突状细胞与活化的CD4+记忆性T细胞呈正相关,而活化的树突状细胞与静息肥大细胞、巨噬细胞M2呈负相关.通过COREMINE预测发现,半枝莲、白花蛇舌草、人参、黄芪、防己与银屑病相关免疫浸润的关系最密切,且多归为肺经,功效多与清热补虚相关.结论 中性粒细胞、树突状细胞、CD4+记忆T细胞、调节性T细胞与银屑病关系密切,银屑病相关的差异基因涉及多种免疫相关生物学过程及通路,筛选出半枝莲、白花蛇舌草、人参、黄芪、防己等中药可能为其潜在的分子药物来源.

关键词：银屑病;免疫浸润;生物信息学;中药预测;半枝莲;白花蛇舌草;人参

所属期刊栏目：32

分类号：R285.5(中药学)

资助基金：湖南省教育厅重点项目;湖南省科技创新计划项目

在线出版日期：2022-01-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1663-1674