10.3969/j.issn.1674-7895.2020.05.03
花生异型雄蕊转录组分析
以花生(Arachis hypogaea Linn.)品种'Florunner'为研究对象,利用RNA-seq技术对花生异型雄蕊进行转录组测序;在此基础上,运用Nr、KOG、GO和KEGG数据库进行同源序列比对和基因功能分析.结果 显示:花生异型雄蕊转录组测序共获得数据量约31.46 G,其中,clean reads所占比例均在96.0％以上;经过组装和拼接后得到197193个contigs,片段总长度240463900 bp,最长片段为15810 bp,非冗余unigenes片段的平均长度为1219 bp,GC含量为39.1％,片段长度N50为1966 bp;长度大于等于1000 bp的unigenes占unigenes总数的43.4％,表明组装完整性较高,可用于注释分析.与Nr数据库的比对结果显示:共有129223个unigenes注释到Nr数据库,占unigenes总数的65.5％;其中,1×10-100<E≤1×10-5的unigenes占54.2％,说明注释的unigenes序列与Nr数据库的同源序列具有高度相似性;共有106900个unigenes注释到已探明的同源序列中,占注释unigenes总数的82.7％,且与大豆〔Glycine max(Linn.)Merr.〕和蒺藜苜蓿(Medicago truncatula Gaertn.)等同科种类的序列同源性较高.基因功能分析结果显示:共有133387个unigenes注释到25个KOG功能类别上,且功能明确的unigenes均与配子体发育功能相关,其中,注释到信号转导机制功能的unigenes数量最多(17135).共有48497个unigenes注释到生物过程、细胞组分和分子功能3大类55个亚类的GO功能类别上,其中,与核酸代谢过程、磷酸化、转录调节、核、核糖体、ATP结合、转录因子和钙离子结合相关的亚类中unigenes高度富集.共有30428个unigenes注释到2708个酶功能,映射了354个KEGG代谢通路,可分为遗传信息处理、细胞过程、生物系统、环境信息处理和代谢5大类32个亚类,其中,与代谢相关通路的unigenes数量最多(14231).综合分析结果表明:在花生异型雄蕊转录组中,多数unigenes的功能与雄蕊产生雄配子的功能有关,且部分基因可参与不同的代谢途径,对花生异型雄蕊的器官发生和花药形成具有重要作用.
花生、异型雄蕊、转录组、同源性、功能注释
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Q945.4;Q946-33;S565.2(植物学)
国家花生产业技术体系建设项目;江苏高校优势学科建设工程PAPD
2020-10-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
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