甘蔗属大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列克隆与特点分析

摘要：

为深入研究大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列(RT,reverse transcriptase)的特点,本研究使用简并引物将Ty 1-copia RT序列克隆、测序,成功分离了60条Ty1-copia类RT序列,AT比例为46.0％～62.0％,长度为257～266bp,通过构建系统进化树分析,可将其分成6大类.将这些碱基序列翻译成氨基酸序列,通过ClustalX软件分析,发现存在上游TAFLHG、下游YVDDM以及中心SLYGLKQ保守结构域,并出现编码阅读框移码突变、终止密码子突变的现象.与其他禾本科物种的Ty1-copia RT序列一起构建系统进化树,结果发现可分成10类不同的进化谱系,60条大茎野生种Ty1-copia RT氨基酸序列中有12条序列归为Ⅰ类(Sre/Maximus)、有10条序列归为Ⅱ类(Retrofit/Ale)、有18条序列归为Ⅲ类(Ale)、有17条序列归为X类(Tork/TAR),仅有3条序列归为Ⅵ类(Tork/Angela);然而Bianca和Oryco/Ivana谱系未发现大茎野生种Ty1-copia RT序列,表明其与甘蔗杂交种、高粱的亲缘关系近.通过斑点杂交结果,可计算得到Ty1-copia RT序列在其基因组中拷贝数为6.75×103.FISH结果显示,Ty1-copia RT序列是弥散分布在染色体上,其中部分染色体端粒上的信号比较强.这些结果将有助于今后大茎野生种生物多样性研究、基因组研究,提供一定的参考依据.

关键词：大茎野生种、Ty1-copia反转录转座子、荧光原位杂交、进化分析、甘蔗

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资助基金：国家自然科学基金;福建省重大科技项目;亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室开放项目

在线出版日期：2020-05-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：466-476