新疆沙冬青基因组调查测序与基因组大小预测

摘要：

新疆沙冬青是中国荒漠地区代表性常绿阔叶植物,属于第三纪孑遗植物.其极强的逆境耐受性受到了研究者的广泛关注,但由于缺乏基因组序列,分子生物学研究水平进展缓慢.本研究对新疆沙冬青进行了基因组调查测序,共得到65 Gb大小的双端测序数据.结合基于K-mer分析和流式细胞分析的方法,预测基因组大小、杂合率和GC含量等特征,估计基因组大小为770～787 Mb.测序数据拼接构建得到contigs的N50为684 bp,总读长为0.538 Gb;进一步组装后scaffolds的N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb.对拼接数据进行SSR分子标记预测,共得到151858个SSR,其中二核苷酸重复单元比例最高为56.39％,在二核苷酸重复单元中,AT/TA组成形式占多数.本研究首次报道了荒漠植物新疆沙冬青的基因组特征,为后续基因组学研究提供参考.

关键词：新疆沙冬青、基因组大小、流式细胞分析、K-mer分析、SSR分子标记

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资助基金：国家自然科学基金项目31370356,31670335,31770363;北京市大学生创新训练计划BEIJ2017110010

在线出版日期：2018-03-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：143-149