SSR引物及多态性位点数对陆地棉野生种系聚类结果的影响

摘要：

利用SSR标记分析陆地棉野生种系的遗传多样性,对材料间相似系数的变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性位点数对研究结果准确性的影响.90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位位点,其中多态性位点440个,占83.01％.多态信息含量范围为0.046 ～0.888,平均为0.649;Shannon多样性指数在0.113～2.289之间变动,平均为1.248.显著性测验显示,当引物按PIC值降序排列时,利用25对引物或者150个多态性位点即可获得较准确的结果;升序排列时,至少需要50对引物或200个多态性位点才能获得较准确的结果.矩阵相关性测验显示,降序时20对、升序时50对引物或者达到150个多态性位点聚类即可达到90对引物时的精度.此外,在引物量较少时,扩增位点数较多的引物所提供的信息量更大,随着引物量的增加,这种差距趋于不明显;等位位点总数较少时,引物数量更重要,随着位点数的增加,引物信息含量的重要性已高于引物数起主导作用.综上,若要客观反映出42份陆地棉野生种系的遗传关系,有必要选用多态性引物30对,扩增多态性位点150个以上,增加引物到50对以上为佳.

关键词：陆地棉、野生种系、SSR、引物、多态性位点、聚类

所属期刊栏目：14

分类号：S96;S56

资助基金：中央级公益性院所基本科研业务费资助项目SJA0901,SJA1001

在线出版日期：2013-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：237-242