茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

摘要：

为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记,利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288条茶树( Camellia sinensis )ESTs序列进行EST-SSRs特征分析.剔除冗余序列,得到非冗余序列2083条.在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条,共486个EST-SSRs,平均相隔2.10 kb出现1个SSR.在2～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(51.97%),其次是三核苷酸(19.55%).对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最高的是AG/CT(47.74%),其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%).利用Prime 5 软件,设计了206对EST-SSRs引物,随机选用72对引物进行SSR扩增,发现31对引物可以扩增出条带,其中29对引物具有多态性,多态性比率为93.5%.这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究.

关键词：茶树、EST-SSRs、分子标记、多态性

所属期刊栏目：10

分类号：S18;TS2

资助基金：国家科技基础条件平台建设计划2005DKA21002

在线出版日期：2010-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：511-516