基于分子数据的系统发生树构建

摘要：

系统发生学是研究生物类群间进化关系的学科.随着测序技术、分析方法和计算能力的改进,分子数据被广泛应用,促进了系统发生学的快速发展.系统发生树已成为生态学和比较生物学等研究领域的有力工具.然而,许多研究在进行系统发生树构建时更侧重各种软件的使用,一些基本原则或注意事项有时会被弱化甚至忽视.该文详细介绍了基于分子数据进行系统发生树构建的工作流程和基本方法,包括类群取样、分子标记选择、序列比对、分区及模型选择、序列联合分析以及拓扑结构检验等关键步骤.此外,该文还为系统发生树构建常用的3种方法(最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)提供了相应的软件操作流程和运行命令,以期为相关研究提供参考.

关键词：系统发生树构建、分子系统学、联合分析、核苷酸替换模型

所属期刊栏目：58

分类号：Q94;S512.1;TP301.6

资助基金：中国科学院战略性先导科技专项;国家自然科学基金;国家自然科学基金;国家自然科学基金;国家自然科学基金

在线出版日期：2023-06-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：261-273