冬小麦小RNA高通量测序及生物信息学分析

摘要：

东农冬麦1号是我国首例可在黑龙江高寒地区种植的强抗寒冬小麦(Triticum aestivum)品种.鉴于分蘖节的耐寒程度直接影响植株的安全越冬,且MicroRNAs是一类生物体内普遍存在的非编码内源小分子RNA,在植物的生长发育和适应胁迫等过程中具有重要作用,该文基于HiSeq深度测序原理,对5℃和-10℃胁迫下的东农冬麦1号分蘖节进行测序,并开展生物信息学分析.结果表明,在5℃文库中有2 229 955条特有小分子RNA序列,并检测到35条已知miRNA,属于30个miRNA家族,其表达丰度介于1-173 810之间;在-10℃文库中有3 721 449条特有小分子RNA序列,并发现29条已知miRNA,属于24个miRNA家族,其表达丰度为1-105 868.靶基因预测结果表明,5℃文库的30个miRNA家族中共预测到53个靶基因.功能分析结果显示,这些基因主要参与转录调节、新陈代谢、胁迫响应和信号转导等过程.已知小麦miRNA的类型和表达丰度在5℃和-10℃两个文库中均有较大差异.

关键词：冬小麦、东农冬麦1号、microRNA、高通量测序、生物信息学

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资助基金：高等学校博士学科点专项科研基金20112325110003;国家自然科学基金人才培养能力提高科研训练项目J121-0069

在线出版日期：2014-04-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：8-18