杏基因组全新组装及杏的进化分析
杏(Prunus armeniaca)是一种风味独特、具有重要经济和营养价值的果树.选择以杏品种”美华”为试材,利用先进的Illumina、PacBio和Hi-C组合技术,分别获得Illumina数据40.92 Gb、PacBio数据32.56 Gb和Hi-C辅助组装数据36.9 Gb,组装出全新的杏基因组HiC Ver 1.0,其序列叠连群(contig)总长和半总长位置叠连群(N50)大小分别是243.35和1.81 Mb,包含未知碱基的序列叠连群(scaffold)总长和N50大小分别是243.37和30.07 Mb.组装基因组的98.0％挂载到8个假分子形式的染色体.基因组杂合率0.425％,重复序列占47.1％,GC含量37.4％,预测出23 445个蛋白质编码基因.利用12种植物共有的664个单拷贝基因家族构建系统发育树,结果表明杏和梅(P mume)约在10.7百万年(Ma)前分歧,5种核果类果树与2种仁果类果树的祖先约在57.2 Ma前分歧.与杏和梅的共同祖先相比,杏有198个基因家族扩张、729个基因家族收缩.与其他4种核果类果树比较,杏有327个特有基因家族(437个特有基因);与其他11种植物比较,杏有90个特有基因家族(187个特有基因).
杏、基因组、基因、染色体、系统发育树
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山东省农业科学院农业科技创新工程项目;山东省林业科技创新项目;泰安市农业良种工程项目
2021-03-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共14页
2187-2200
