基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测

摘要：

苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱,但是基因注释信息很不完善,因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测.以”富士”花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA,构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序,获得高质量的序列(clean reads).将得到的结果与苹果”金冠”参考基因组进行比对,共优化了13272个已注释基因的结构,优化基因5′端和3′端数目分别为8843个和8955个,另外,共鉴定得到1604个新的转录本,部分基因参与了苹果的转录表达调控、生长调节、氨基酸和糖类等的代谢过程.

关键词：苹果、RNA-Seq、基因结构优化、新转录本预测

所属期刊栏目：53

分类号：S85;S43

资助基金：山东省现代农业产业技术体系创新团队SDAIT-06-07;现代农业产业技术体系建设专项经费CARS-28;公益性行业农业科研专项经费201303093;支撑计划专项经费2014BAD6B102.This work was supported by the Innovative Team of Modern Agricultural Industry Technology Systerm of ShandongGrant SDAIT-06-07;the Construction of Modern Agricultural Industry Technology SystemGrant CARS-28;the Public Welfare Industry AgricultureGrant 201303093;the Support PlanGrant 2014BAD6B102

在线出版日期：2017-09-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1532-1538