基于GEO数据库筛选滤泡性甲状腺癌关键基因及生物信息学分析

摘要：

目的 滤泡性甲状腺癌(follicular thyroid carcinoma,FTC)临床上较少见,其在疾病早期即可发生血行转移.本研究利用生物信息学方法探索FTC发生发展的关键基因、发掘FTC的致病机制及治疗靶点.方法 从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因芯片GSE82208,利用R软件分析以获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用数据库注释、可视化和综合发现(database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID)在线网站对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析.对DEGs行蛋白质–蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,并筛选核心基因,对核心基因进行生存分析.结果 共筛选获得74个DEGs,其中表达上调基因61个,表达下调基因13个.GO富集在细胞对锌离子的反应、细胞对镉离子反应、细胞核及金属离子结合等过程.KEGG信号通路富集在矿物质吸收信号通路.通过对PPI网络分析,筛选出核心差异表达基因MT1E、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X和MT2A共7个金属硫蛋白基因.生存分析发现MT1F和MT1M与甲状腺癌患者预后相关(P<0.05).结论 金属硫蛋白介导的金属离子代谢紊乱与FTC密切相关,有望成为FTC的诊治靶点.

关键词：滤泡性甲状腺癌、滤泡状腺瘤、差异表达基因、生物信息学、金属硫蛋白

所属期刊栏目：61

分类号：R736.1(肿瘤学)

在线出版日期：2023-08-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：44-49