基于TCGA数据库及分子对接探讨黄芪治疗胃癌的作用机制

摘要：

目的 探讨黄芪治疗胃癌的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台检索黄芪的化学成分及作用靶点.癌症基因组图谱数据库下载胃癌基因表达谱及临床特征数据,采用加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)识别胃癌共表达模块.将黄芪的作用靶点与胃癌共表达模块、差异基因取交集.STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络并提取黄芪改善胃癌预后的潜在靶点.通过GSE54129数据集、人类蛋白质图谱数据库、分子对接对潜在靶点进行验证.结果 共检索到黄芪有效活性成分16个及对应靶点190个;筛选得到差异表达基因2694个,其中上调基因1124个,下调基因1570个;构建的WGCNA共表达网络发现青绿色模块与胃癌有显著而稳定的相关性,构建韦恩图得到黄芪改善胃癌预后的27个差异表达基因.PPI网络鉴定得到10个关键基因,其中,微囊蛋白1(caveolin 1,CAV1)、前列腺素E2受体EP3亚型(prostaglandin E2 receptor EP3 subtype,PTGER3)与胃癌患者的生存显著相关.分子对接结果发现,黄芪活性成分与PTGER3具有较好的结合能.结论 黄芪改善胃癌预后的作用机制可能与调节CAV1和PTGER3有关.

关键词：黄芪、加权基因共表达网络分析、胃癌、生存分析、生物信息

所属期刊栏目：61

分类号：R735.2(肿瘤学)

在线出版日期：2023-07-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：80-85