两种植物病原黄单胞菌基因组中同义密码子使用的分析

摘要：

根据已释放的基因组序列,对野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(Xanthomonas campestris pv.campestris,Xcc)和地毯草黄单胞菌柑桔致病变种(X.axonopodis pv.citri,Xac)的密码子使用进行了分析.相对同义密码子使用值(relative synonymous codon usage,RSCU)的计算表明,它们具有高度相似的密码子使用模式.2个基因组密码子第3位的GC含量(GC3s)平均达0.806±0.077(Xcc)和0.791±0.075(Xac),倾向于使用GC含量较高的密码子.对有效密码子数量和密码子适应指数的分析表明,Xcc与Xac基因组中,高表达基因具有较高的GC含量,倾向于使用少数种类的密码子,而低表达基因具有较高的AT含量,倾向于随机地使用密码子.对密码子使用绝对次数进行的对应分析也证明了上述结论.同时,计算也证明了基因在基因组中的位置不影响密码子使用的模式.因此,基因组的GC含量、基因的表达水平和基因的种类与起源是影响这2个基因组密码子使用的主要因素.

关键词：野油菜黄单胞菌野油菜致病变种、地毯草黄单胞菌柑桔致病变种、基因组、密码子使用偏倚、GC含量、水平基因转移

所属期刊栏目：34

分类号：Q754(分子遗传学)

资助基金：国家自然科学基金30100010与30270027

在线出版日期：2007-03-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：97-106