基于小RNA深度测序技术鉴定侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类

摘要：

随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重.为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析.结果表明,从来自我国7省市的41株具有典型病毒病症状的草莓种苗样品中检测到草莓斑驳病毒 strawberry mottle virus(SMoV)、草莓镶脉病毒 strawberry vein banding virus(SVBV)和草莓轻型黄边病毒strawberry mild yellow edge virus(SMYEV)3 种.SMoV、SVBV 和 SMYEV 的检出率分别为 34.1％、24.4％和2.4％.选取不同产地草莓种苗上检出的不同病毒进行部分序列测定和分析,获得了 3个SMoV分离物(四川分离物schhy13、辽宁分离物lnhy23和河北分离物hbhy28)的部分RNA1 3'端非编码区606 bp核苷酸序列,其一致性为98.12％～99.34％.测定并获得了 5个SVBV分离物(辽宁分离物lnhy15、lnhy17、lnhy24、河北分离物hbhy28和陕西分离物shaxhy35)的ORF6的部分基因及其5'端非编码区的核苷酸序列,其中部分ORF6基因序列的一致性为97.98％～99.8％.仅1个辽宁样品中检测到SMYEV,获得了辽宁分离物lnhy26,其CP基因序列与中国甘肃分离物sy02的一致性为99.02％.病毒侵染草莓植株产生的典型症状有叶片畸形、变色和植株矮化.存在2种病毒和3种病毒复合侵染的情况,占所有阳性样品的41.2％.辽宁和河北的'红颜'种苗中检出SMoV和SVBV或SMoV、SVBV和SMYEV的复合侵染情况;四川和陕西的'红颜'种苗仅检出SMoV或SVBV,而其他省市和品种均未检出病毒.研究结果可以为草莓病毒的检测以及草莓病毒病的科学防治提供依据.

关键词：草莓病毒病、小RNA深度测序技术、RT-PCR、病毒检测

所属期刊栏目：48

分类号：S436.639(病虫害及其防治)

资助基金：北京市粮经作物产业创新团队项目BAIC09-2021

在线出版日期：2022-06-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：225-232,241