甘薯基因组NBS-LRR类抗病家族基因挖掘与分析

摘要：

NBS-LRR类基因家族是植物抗病R基因(Resistance gene)数量最多的一类,具有NBS(Nucleotide-binding site)和LRR(Leucine-leucine-repeat)结构域.甘薯(Ipomoea batatas)栽培种基因组已完成测序,但尚未注释,本研究对甘薯基因组序列进行外显子预测,得到甘薯染色体组全基因组蛋白序列,在此基础上进一步对NBS-LRR家族基因鉴定和分析表明,甘薯基因组中含有379个NBS-LRR家族基因,占全基因组基因总数的0.212％,其中N型亚家族120个,NL型103个,CNL型133个,TNL型22个,PN型1个.所有染色体上均有NBS-LRR家族基因分布,但数量明显不同,其中有60.9％的NBS-LRR基因序列呈簇状分布.NBS-LRR基因序列有15个保守结构域,在N端较为保守.研究结果为甘薯进一步开展NBS-LRR家族基因的功能研究和抗性育种提供了参考.

关键词：甘薯、NBS-LRR、R基因、基因家族、生物信息学

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资助基金：本研究由福建省科技重大专项子专题2017NZ0002-2

在线出版日期：2020-07-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1195-1207