适于陆地棉品种身份鉴定的SNP核心位点筛选与评价
利用全基因组SNP信息,筛选陆地棉品种特异的核心SNP位点组合,可为陆地棉品种身份鉴定提供准确高效的检测手段.本研究利用棉花CottonSNP80K芯片对326份不同来源的陆地棉种质进行SNP分型.以南京农业大学陆地棉TM-1基因组Gossypium hirsutum(AD1)genome NBI v1.1版本为参考序列,对SNP位点进行注释.结果表明,93.85％(72990/77774)的位点检出率超过99％,61595(79.20％)个SNP位点具有多态性,其中76.32％(47009)的位点最小等位基因频率(MAF)大于0.1.基于位点检出率大于0.99、位点具多态性、MAF大于0.2、杂合率小于0.05、每条染色体的SNP密度为400 kb/SNP左右等要求,最终获得4857个覆盖全基因组的高质量核心SNP位点组合.这些核心SNP位点组合平均检出率接近100％;平均MAF值为0.34;平均杂合率为0.02;99％以上的陆地棉材料均能够被准确鉴定.统计分析表明利用核心SNP位点组合与CottonSNP80K的鉴定结果呈极显著相关.本研究提供了包含4857个SNP位点,适于陆地棉品种指纹图谱绘制的核心SNP位点组合,可实现陆地棉品种身份鉴定和品种确权.
DNA芯片、指纹图谱、SNP、核心位点、陆地棉
44
国家重点研发计划项目2017YFD0102000;江苏现代作物生产协同创新中心10
2018-12-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
1631-1639
