樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因的克隆及生物信息学分析

摘要：

[目的]克隆樟叶越桔稳定内参基因 60S核糖体蛋白L9 基因全长cDNA和基因组DNA序列,并分析其序列特征及密码子偏好性,为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考.[方法]在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上,筛选 60S核糖体蛋白L9 基因cDNA序列并设计特异性引物,以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板,应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列,并克隆、测序、进行序列分析.同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数(CAI)、相对密码子使用度(RSCU)、同义密码子第三位核苷酸的GC含量(GCS3)、有效密码子数(ENC).[结果]克隆获得樟叶越桔 60S核糖体蛋白L9 基因 666 bp cDNA序列(NCBI:ON637115)和 2 224 bp基因组DNA序列(NCBI:ON584188),将该基因命名为VdRPL9.VdRPL9 基因含有 2 个内含子,分别为 1 616 bp的intron1、144 bp的intron2.VdRPL9 基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长 585 bp,其翻译编码 194 个氨基酸残基构成VdRPL9 蛋白.从动物、植物和真菌RPL9 蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9 基因在进化上极度保守,具有共同的祖先.相比于RSCU聚类树,RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系.VdRPL9 基因偏好性强的密码子(RSCU＞1)共有 25 个、且多以CG结尾,CAI和ENC的值分别为 0.29 和51.8,故推测该基因表达水平偏低.[结论]本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9 基因序列及序列特征,并分析了VdRPL9基因的密码子特征.这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子,提高其在樟叶越桔中的表达水平,探究其表达调控及作用机制奠定了基础.

关键词：核糖体蛋白L9、基因克隆、密码子偏好性、樟叶越桔

所属期刊栏目：43

分类号：S759.95(森林经营学、森林计测学、森林经理学)

资助基金：国家自然科学基金;国家级大学生创新创业训练计划项目;云南省生物学质量工程项目

在线出版日期：2023-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：159-169