基于全基因组重测序的泡桐属植物遗传关系分析

摘要：

[目的]基于全基因组重测序技术(WGRS)开发的SNP标记,对泡桐属的种间亲缘关系和群体遗传结构进行解析,为揭示泡桐属植物的系统发育关系及进行分类提供理论依据.[方法]对泡桐属11 个桐种的典型株进行全基因组重测序,评估数据质量;以白花泡桐基因组为参考,获得高质量SNP位点,并进一步通过VCF2Dis、MEGA11和fastSTRUCTURE等软件对其进行主成分分析(PCA)、系统发育分析和群体遗传结构分析;采用clusterProfiler包对基因进行富集分析.[结果]通过WGRS技术对泡桐属11个桐种的典型株进行测序,11份材料比对至白花泡桐参考基因组的平均比对率为81.87%,通过有效过滤筛选后获得7 492 966个SNP位点.基于这些SNP位点估算材料间的遗传距离,种间的遗传距离为0.15～0.59,毛泡桐与白花泡桐的遗传距离最大为0.59,宜昌泡桐与山明泡桐,鄂川泡桐与山明泡桐的遗传距离最小,均为0.15.PCA、系统发育树和遗传结构分析结果均将泡桐属划分为3个类群,类群Ⅰ为毛泡桐;类群Ⅱ包括川泡桐和台湾泡桐;类群Ⅲ包括白花泡桐、楸叶泡桐、山明泡桐、鄂川泡桐、宜昌泡桐、华东泡桐、建始泡桐和兰考泡桐.高突变率基因被富集到细胞壁代谢、花粉代谢、次生代谢物代谢和形态建成相关的生物学过程.[结论]利用WGRS技术挖掘覆盖全基因组的SNP标记可以有效地对泡桐属植物的亲缘关系及遗传结构进行解析,为泡桐属种质资源的系统分类和高效利用奠定基础.

关键词：泡桐属、全基因组重测序、SNP、种质资源、遗传结构

所属期刊栏目：43

分类号：S792.43(森林树种)

资助基金：河南省科技兴林项目;国家重点研发计划

在线出版日期：2023-07-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1-10