'龙岩野柿1号'雄花和两性花花芽的转录组SSR特征分析

摘要：

[目的]旨在了解雄全同株性别类型'龙岩野柿1号'雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征,为SSR分子标记开发提供理论依据.[方法]基于雄全同株种质'龙岩野柿1号'花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列,运用MISA软件的默认参数即单碱基类型SSR重复数≥10、双碱基类型重复数≥6和三、四、五、六碱基类型重复数≥5对转录组获得的unigenes序列中的SSR位点进行搜索,分析SSR位点的序列特征.[结果]对'龙岩野柿1号'转录组的82910条unigenes进行搜索,共在25349条unigenes上获得了38751条SSR序列,发生频率为30.57％,出现频率为46.74％,平均每2.94 kb会出现1个SSR序列;双碱基重复类型SSR位点数目最多,占总SSR数的50.59％,单碱基重复类型SSR数目次之,占比24.59％;单碱基重复至三碱基重复类型的优势重复基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT,分别占比22.8％、35.15％和7.77％,四碱基重复至六碱基重复类型的优势重复基元分别为AAAG/CTTT、AAAAG/CTTTT和AGGGCG/CCCTCG,占比分别为0.45％、0.09％和0.05％;SSR位点的基元重复次数以5～20为主,序列长度变化范围较大,为10～94 bp,共有11731个SSR位点的序列长度≥20 bp,占比为30.27％.[结论]'龙岩野柿1号'花芽的转录组中SSR位点丰富,具有较高的多态性,在柿属植物性别类型相关的分子标记开发、分子标记辅助育种和遗传多样性分析中具有较大的应用潜力.

关键词：龙岩野柿1号、花芽转录组、SSR、位点信息

所属期刊栏目：42

分类号：S718.43;S665.2(林业基础科学)

资助基金：国家重点研发计划;国家重点研发计划

在线出版日期：2022-11-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：171-177,186