杉木NAC基因家族基因的鉴定及生物信息学分析

摘要：

[目的]为了完善杉木NAC基因家族的生信机制以及探索基因潜在功能,促进杉木基因改良育种与提高生产效率.[方法]本研究从搜集到的杉木转录组测序数据库中筛选鉴定得到杉木NAC基因,并对其进行生物信息学分析,具体包括蛋白的理化性质、结构域预测、基因进化树分析和cln-miR164靶基因的预测分析等.[结果]杉木NAC转录因子家族含有45个成员,将其命名为Cl-NAC1～Cl-NAC45,预测所得CDS序列长度在156～3033 bp之间,由51～1010个氨基酸残基构成,结构域分析得出Cl-NACs蛋白除了长度不足的序列,所有的NAC蛋白都具有A、B、C、D、E 5个亚结构域,并且位置一致.保守域预测可得不同亚家族7个保守结构域的位置和长度有所不同.大部分Cl-NACs基因与挪威云杉NAC基因序列相似度明显大于拟南芥.通过进化树分析,不同Cl-NACs蛋白分布在10个亚家族中ATAF亚家族中的Cl-NAC45可能与逆境胁迫相关,NAM亚家族中的Cl-NAC1、Cl-NAC33、Cl-NAC34和Cl-NAC35基因都有可能具有调节杉木生长发育的作用;此外通过psRNATarget预测Cl-NAC33和Cl-NAC35为cln-miR164的靶基因,可能受其调控,参与非生物胁迫响应途径.[结论]杉木NAC基因鉴定获得45个,共可分为10个亚家族,不同的亚家族具有不同的理化性质、蛋白质结构、进化模式.对不同亚家族的基因功能进行初步推测,上述7个基因可能为杉木生长发育中的关键基因,需进一步研究验证其功能,为后续研究Cl-NACs基因对杉木生长发育、抗逆性功能奠定了基础.

关键词：杉木;NAC基因家族;鉴定;生物学信息分析

所属期刊栏目：42

分类号：S791.27(森林树种)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金

在线出版日期：2022-03-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：108-118