基于转录组测序的陈山红心杉EST-SSR开发及应用

摘要：

[目的]目前杉木分子标记数量无法满足种质资源评价及分子标记辅助育种等相关研究需求,需要开发更多的杉木SSR标记十分重要.[方法]以陈山红心杉转录组测序数据为基础,进行EST-SSR标记的检测和开发,并对陈山红心杉二代种子园进行遗传变异分析.[结果]转录组测序共获得99122394个reads片段,包含了14.87 Gb的序列数据.序列组装后,获得76597个unigene,共计104.18 Mb数据,平均长983 bp.寻找到8072个SSR位点,单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占总数的66.30％ 和17.48％,其次是二核苷酸重复类型,占总数的12.31％.AT/TA和AG/TC是主要的双碱基重复序列,分别占总位点数的6.79％ 和1.93％.AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三碱基重复序列,分别占总位点数的1.45％ 和1.44％.从随机挑选的150对SSR引物中筛选出11对多态性引物.陈山红心杉二代种子园SSR位点间的平均等位基因数为4.4个,有效等位基因为2.4个;群体平均观察杂合度、期望杂合度、Shannon多样性指数分别为0.5335、0.5638、1.0034,表明该种子园遗传多样性较高.陈山红心杉二代种子园无性系间的遗传相似系数在0.2400～0.9778之间,平均值为0.5893,说明这一群体有较宽的遗传基础.在阈值0.62处可将无性系划分为6个亚群体,亚群体内个体数量差异较大.[结论]本研究基于陈山红心杉转录组数据开发出11对EST-SSR标记,丰富了杉木分子标记库,这些标记可用于杉木种质资源评价、遗传多样性分析及分子标记辅助育种等方面.

关键词：陈山红心杉、SSR、转录组、标记开发

所属期刊栏目：40

分类号：S718.46(林业基础科学)

资助基金：江西省重点研发计划项目;科技创新项目;江西省林业科学院博士启动基金;江西省林业科学院青年科技人才培养项目

在线出版日期：2020-08-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：120-127