基于高通量测序的思茅松微卫星位点的特征分析

摘要：

以思茅松针叶为材料，采用 Illumina Hiseq2000平台测序，得到121882条无冗余的序列，对这些序列进行 SSR 位点搜索，共获得3534个 SSR 位点，出现频率为2.9%，分布平均距离25kb。所搜索的 SSR 以单核苷酸重复类型最多，其次为三核苷酸和二核苷酸，而四、五、六核苷酸重复类型较少（＜1%）。单核苷酸重复类型中以 A/T 基元较丰富（43.58%）；二核苷酸中出现频率最高的是 AT/TA 基元（14.04%），AG/CT 次之， AC/GT 和 CG/CG 较低；三核苷酸重复类型中 AAG/CTT 最多，AGC/CTG 和 AGG/CCT 次之，以 CCG/CGG、ACG/CGT 和 ACT/AGT 较少（＜1%）；四、五、六核苷酸类型中各重复基元相差不大，均较少。SSR 数量随对应的重复类型重复次数的增加而降低，也随重复区段碱基长度的增加而降低。

关键词：思茅松、高通量测序、微卫星

所属期刊栏目：36

分类号：S791.259(森林树种)

资助基金：西南林业大学科技创新项目;国家自然科学基金;西南林业大学科研启动基金

在线出版日期：2016-08-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：72-77,93