去除二硫键和蛋白残基对银杏抗菌蛋白构象的影响

摘要：

通过分子动力学模拟，研究了二硫键以及蛋白自身残基在维持蛋白构象稳定中起到的作用，对野生型、截断型和突变型的银杏抗菌蛋白 Ginkbilobin-2（Gnk-2）的构象变化进行了分析。结果表明：在100 ns 的模拟时间内，造成蛋白构象发生显著变化的主要原因，是蛋白自身残基的缺失，而短时间内二硫键在维持蛋白结构稳定方面的作用并不明显。仅通过比较短时间内模拟所得到的截断型和野生型蛋白的结构变化无法判断二硫键对蛋白结构稳定性的影响。这与文献中仅通过100 ns 的时间内模拟野生型和截断型蛋白均方根位移（RMSD）值的变化趋势，便判断出二硫键的断裂是引发蛋白构象发生显著变化的主要原因的看法，是不一致的。这些结果对揭示二硫键以及蛋白自身残基在维持蛋白质空间构象及其生物活性中所起的作用具有重要的意义。并且对银杏抗菌蛋白的深入研究和开发也提供了理论支持。

关键词：分子动力学模拟、二硫键、蛋白自身残基、银杏抗菌蛋白、结构稳定

所属期刊栏目：36

分类号：S792.95(森林树种)

资助基金：国家科技部公益行业专项201504507

在线出版日期：2016-08-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：65-71