枣转录组序列的微卫星特征分析

摘要：

运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析.经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星.在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2 532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.82%.单碱基微卫星所占比例最多,为枣最优势微卫星,而且其重复单元次数的变化明显高于其他重复类型,表明单碱基在整个枣转录组中变异最为活跃.

关键词：枣、转录组测序、RNA测序、微卫星特征

所属期刊栏目：35

分类号：S727.3;S665.1(造林学、林木育种及造林技术)

资助基金：“十二五”国家科技计划农村领域项目2013BAD14B03

在线出版日期：2015-08-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：93-97