杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释

摘要：

对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法进行拼接,共获得了190 518个Scaffold片段,序列信息达到了67 868 367nt;在Scaffold数据的基础上,进一步拼接,数据共获得了64 474个Unigene片段,序列信息达到了39 120 703 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲幼果和成熟果实转录组中的Unigene根据功能大致可分为25类；Unigene根据GO功能大致可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类44分支；利用KEGG数据库作为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成119类,包括生化代谢通路、植物-真菌互作、DNA剪切、植物激素生物合成、苯丙氨酸生物合成、萜类化合物与类固醇类化合物合成、脂类代谢、RNA降解等.

关键词：杜仲、幼果、成熟果实、转录组、基因功能

所属期刊栏目：32

分类号：S759.3+5(森林经营学、森林计测学、森林经理学)

资助基金：林业公益性行业科研专项201004029

在线出版日期：2013-01-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：9-17