基因组水平上杨树NAC基因家族的初步分析

摘要：

利用其他物种的NAC蛋白,构建NAC结构域的位置特异得分矩阵(PSSM).用PSSM搜索整个杨树Populus L.基因组,获得编码杨树NAC结构域的DNA片段在基因组上的位置信息.然后运用Perl脚本语言从基因组相应位置提取包含基因全长的序列,推测NAC基因的全长、氨基酸序列及其结构特征,并对得到的杨树NAC基因家族进行了系谱发生分析.结果表明:杨树中至少存在132个非冗余的NAC基因,系谱分析表明这些NAC基因归属于14个亚家族,同一亚家族内各基因编码NAC结构域的外显子数量和结合位置的分布具有一定的相似性.

关键词：分子生物学、NAC、基因家族、杨树、结构域、系谱发生

所属期刊栏目：29

分类号：S792.11;Q786(森林树种)

资助基金：上海市科委基础研究重大项目;国家自然科学基金;国家高技术研究发展计划（863计划）

在线出版日期：2009-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：126-131