基于癌症基因组图谱数据库分析miR-148a-3p在肝细胞癌中的表达和预后意义
目的 基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库探索miR-148a-3p在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达和预后价值.方法 从TCGA数据库HCC数据集中下载患者的临床病理资料和组织标本的微RNA(microRNA,miRNA)测序数据.比较miR-148a-3p在肿瘤组织与癌旁组织中的表达差异,采用受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)评估miR-148a-3p表达对HCC的诊断价值;采用Kaplan-Meier生存分析探讨不同miR-148a-3p表达水平HCC患者的总生存(overall survival,OS)时间和疾病特异生存(disease special survival,DSS)时间;采用单因素和多因素Cox回归分析评估影响HCC患者生存结局的预后因子;采用基因本体论(gene ontology,GO)/京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析miR-148a-3p的潜在靶基因.结果 共375例HCC患者纳入研究,49例同时检测了肿瘤组织与癌旁组织的miR-148a-3p表达,肿瘤组织miR-148a-3p表达显著低于癌旁组织(16.54:17.22,P=0.010).ROC曲线结果显示,miR-148a-3p表达对HCC具有较好的诊断价值(曲线下面积为0.751,95％CI:0.699～0.804).Kaplan-Meier分析发现,miR-148a-3p高表达的患者OS时间(104.2个月:46.2个月,P=0.001)和DSS时间(104.2个月:59.7个月,P=0.026)均更长.多因素Cox回归分析发现,miR-148a-3p高表达是HCC患者良好OS时间的独立预后因子(HR=0.546,95％CI:0.373～0.799,P=0.002),但与DSS时间无显著相关性(HR=1.024,95％CI:0.520～2.014,P=0.946).GO/KEGG富集分析发现miR-148a-3p的潜在靶基因富集于FOXO信号通路、转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路,与泛素连接复合物、细胞内吞、内皮细胞增殖、细胞周期停滞等功能相关.结论 miR-148a-3p低表达于HCC肿瘤组织,其表达可作为HCC患者生存的可靠预测因子,该分子生物学功能可能参与调控FOXO、TGF-β信号通路,与泛素连接复合物、细胞内吞、内皮细胞增殖、细胞周期停滞等功能相关.
miR-148a-3p;肝细胞癌;预后因子;癌症基因组图谱数据库
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国家自然学基金面上项目81973525
2021-11-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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