铜死亡相关差异长链非编码RNA评分公式在肾透明细胞癌中的临床价值

摘要：

目的:探讨基于生物信息学方法构建的肾透明细胞癌（ccRCC）预后相关的铜死亡相关差异长链非编码RNA（lncRNA）评分公式在患者临床诊断、预后预测以及治疗抉择中的价值。方法:从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获取ccRCC患者的基因矩阵和临床数据（数据更新至2022年3月29日）。基因矩阵收录539例ccRCC组织和72例癌旁正常组织表达数据；临床数据收录530例ccRCC患者资料。采用Pearson相关性分析、Wilcoxon符合秩检验和单因素Cox比例风险模型分析筛选预后相关的铜死亡相关差异lncRNA。采用R软件将530例包含生存资料的ccRCC患者以近似1∶1的比例随机抽样分组，分为训练集（266例）和验证集（264例）。采用LASSO回归构建铜死亡相关差异lncRNA评分公式并进行交叉验证。采用受试者工作特征（ROC）曲线评估铜死亡相关差异lncRNA评分公式的特异度和灵敏度，计算曲线下面积（AUC）。根据中位风险值将ccRCC患者分为低风险组和高风险组，采用Kaplan-Meier法分析高、低风险组患者总生存（OS）的差异。采用
t检验分析不同临床病理特征患者的风险值差异。采用R包rms构建可以预测ccRCC患者1、3、5年OS率的列线图。采用R包pRRophetic预测ccRCC患者临床治疗中常见的靶向药物（如索拉菲尼、舒尼替尼等）的半数抑制浓度（
IC50），采用Wilcoxon符号秩检验比较高、低风险组患者
IC50值。收集山西医科大学第一医院2021年6月至12月行根治性肾切除术患者经病理检测确诊的20例ccRCC组织及其配对癌旁正常组织。实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测ccRCC组织关键lncRNA的表达。
结果:基于TCGA数据库中ccRCC患者10个铜死亡基因（FDX1、LIAS、LIPT1、DLD、DLAT、PDHA1、PDHB、MTF1、GLS、CDKN2A）的表达矩阵，筛选出153个与预后相关的铜死亡相关差异lncRNA。LASSO回归分析，最终得到包含4个铜死亡相关差异lncRNA的评分公式：风险值=0.020×AC015912.3+0.011×AC026401.3+0.063×AC103706.1+（-0.076）×EPB41L4A-DT。根据中位风险值（0.76）将患者分为高风险组（≥0.76）和低风险组（<0.76）。ROC曲线结果显示，评分公式对于患者1、3、5年OS率的预测准确性较好。训练集、验证集、总队列中高风险组均较低风险组患者OS更差（均
P<0.001）。年龄、病理分级、肿瘤分期、根据铜死亡相关差异lncRNA评分公式计算的风险值是OS的独立影响因素（均
P<0.001）。铜死亡相关差异lncRNA评分公式计算得到的风险值在不同病理分级、肿瘤分期、T分期、N分期、M分期患者间差异均有统计学意义（均
P<0.01），但在不同性别、年龄患者间差异均无统计学意义（均
P>0.05）。构建的列线图对于患者1、3、5年OS率具有较好的预后准确性。高风险组应用舒尼替尼、西罗莫司敏感性更高，低风险组应用阿昔替尼、索拉非尼、帕唑帕尼敏感性更高。qRT-PCR检测结果表明，ccRCC肿瘤组织与癌旁组织比较，AC015912.3基因相对表达量为1.00±0.04比0.68±0.24（
t=6.37，
P<0.01），AC026401.3基因相对表达量为1.00±0.05比0.64±0.22（
t=7.29，
P<0.01），AC103706.1基因相对表达值为1.00±0.04比0.64±0.20（
t=7.49，
P<0.01），EPB41L4A-DT基因相对表达量为1.00±0.06、0.73±0.10（
t=10.68，
P<0.01）。
结论:基于TCGA数据库构建的铜死亡相关差异lncRNA评分公式可作为ccRCC患者临床诊断、预后预测的新型指标，帮助指导患者的临床药物治疗，有助于精准诊疗。

关键词：肾肿瘤、长链非编码RNA、调节性细胞死亡、药物治疗

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资助基金：山西省"1331工程"重点创新团队（培育）建设计划3c332019001;山西省回国留学人员科研资助项目2021-160;"1331 Project" Key Innovation Team Building Program of Shanxi Province3c332019001;Scientific Research Funding Project for Returned Overseas of Shanxi Province2021-160

在线出版日期：2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：584-591