基于生物信息学分析的自噬相关基因构建肺鳞状细胞癌预后模型及验证

摘要：

目的:基于生物信息学分析的自噬相关基因构建肺鳞状细胞癌（SqCLC）预后模型并验证。方法:从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载268例SqCLC患者的表达谱数据和临床信息，从基因型组织表达（GTEx）数据库下载336名健康人正常肺组织的数据集；从人类自噬数据库（HADb）及分子特征数据库（MSigDB）6.2中的GO_AUTOPHAGY基因组中获得自噬相关基因组。应用R 4.0.3软件分析TCGA数据库中SqCLC组织与GTEx数据库中正常肺组织间差异表达基因。使用R 4.0.3软件筛选TCGA数据库SqCLC组织和正常肺组织间差异表达的自噬相关基因（简称：差异表达自噬基因）。应用Cox比例风险模型分析TCGA数据库SqCLC患者差异表达自噬基因与预后的关系，构建预后模型。依据预后模型风险评分中位数将TCGA数据库SqCLC患者分为高风险组和低风险组，采用Kaplan-Meier法比较两组总生存；绘制应用预后模型预测的TCGA数据库268例患者3、5、10年总生存率的时间相关受试者工作特征（ROC）曲线。采用Cox回归分析TCGA数据库SqCLC患者总生存的独立影响因素，建立预后指数公式，根据一致性指数和受限平均生存（RMS）曲线，比较单独预后模型风险评分的预后指数与风险评分联合独立影响因素的预后指数预测TCGA数据库患者生存效果；采用R 4.0.3软件构建预测患者3、5、10年总生存率的列线图。结果:筛选出6个预后相关差异表达自噬基因，并构建预后模型为：风险评分＝PEX14×0.337+CASPASE-8×（-0.280）+TM9SF1×0.292+UBB×0.472+P4HB×0.163+CTSA×0.173。TCGA数据库中高风险组总生存较低风险组差（
P<0.001）。时间依赖性ROC曲线分析显示，预后模型风险评分预测TCGA数据库中268例患者3、5、10年总生存率的曲线下面积（AUC）分别为0.715、0.715、0.831。多因素Cox回归分析显示，年龄、分期和预后模型风险评分为TCGA数据库SqCLC患者总生存的独立影响因素，预后指数＝0.998 ×风险评分+0.725 ×分期+ 0.559 ×年龄。RMS曲线显示，相对于预后模型风险评分预测总生存，3个独立预后影响因素相结合的预后指数预测总生存效果更佳（一致性指数：0.68比0.65，
P＝0.045）。采用年龄、分期和预后模型风险评分构建了预测SqCLC患者生存的列线图，其校正曲线接近理想曲线。
结论:成功建立了基于6个特征性差异表达自噬相关基因的SqCLC预后模型，内部验证显示该模型结合其他临床病理因素可对SqCLC患者生存的预测提供一定帮助。

关键词：肺肿瘤、癌，鳞状细胞、自噬、预后、计算生物学

所属期刊栏目：34

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：910-916