胃肠间质瘤中差异表达长链非编码RNA和mRNA的筛选鉴定及功能分析

摘要：

[目的]应用生物信息学技术鉴定胃肠间质瘤(GISTs)中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA,并对其功能进行初步分析.[方法]在GEO数据库检索GISTs表达情况,并进行主成分分析、靶分子鉴定、GO和KEGG富集分析等;qPCR法检测10例临床GISTs组织及正常黏膜组织中部分差异分子的表达情况,对数据库结果进行验证.[结果]热图分析显示,差异表达在GISTs组织及正常黏膜分析识别出293个差异表达的lncRNA和452个差异表达的mRNA.应用皮尔森相关分析进行trans调控筛选,分析相关性水平,发现前30％的lncRNA和mRNA存在互作对,这些差异表达的lncRNA和mRNA通过靶分子作用参与了GISTs的细胞增殖及细胞迁移等生物学功能,其中lncRNA VCAN-AS1和AMPD3 mRNA在GISTs中表达高于正常黏膜,且可能存在相互作用.对lncRNA VCAN-AS1和AMPD3 mRNA在GISTs中表达进行验证显示,lncRNA VCAN-AS1和AMPD3 mRNA在GISTs中表达(2.762±1.593,1.545±1.162)高于正常黏膜(0.506±0.183,0.702 ±0.155)(t=4.449,P＜0.001;t =2.274,P=0.035),GISTs组织中lncRNA VCAN-AS1与AMPD3 mRNA表达呈正相关(r=-0.9273,P＜0.001),与生物信息学分析结果一致.[结论]GISTs中存在lncRNA和mRNA的差异表达,lncRNA VCAN-AS1和AMPD3可能通过lncRNA-mRNA调控机制参与了GISTs的发生和进展.

关键词：胃肠间质瘤、长链非编码RNA、mRNA、生物信息学分析

所属期刊栏目：27

分类号：R730.262(肿瘤学)

在线出版日期：2021-08-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：438-444